HLAforest:使用RNA-seq数据进行HLA分型

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HLAforest是一款针对RNA_seq数据进行HLA分型的软件，github地址如下

https://github.com/FNaveed786/hlaforest

安装过程如下

git clone https://github.com/FNaveed786/hlaforest

当我们把源代码下载到本地之后，还需要修改以下几个配置文件中的内容

1. 修改config.sh

主要是修改HLAFOREST_HOME和NUM_THREADS这两个选项，示例如下

#!/bin/bash
# User modifiable variables
HLAFOREST_HOME=/soft/hlaforest/
NUM_THREADS=10 # the number of threads bowtie should use

HLAFOREST_HOME指定软件的安装目录，NUM_THREADS指定bowtie比对的线程数。

2. 修改 CallSimulation.sh

调整CONFIG_PATH的设置

CONFIG_PATH=/soft/hlaforest/scripts/config.sh

3. 修改 CallHaplotypesPE.sh

调整CONFIG_PATH的设置

CONFIG_PATH=/soft/hlaforest/scripts/config.sh

4. 添加PATH环境变量

在环境变量的配置文件中,将scripts目录添加到PATH变量中，方便程序调用，写法如下

export PATH=/soft/hlaforest/scripts:$PATH

上述参数都调整好之后，软件就可以运行了。需要注意的是该软件依赖bioperl和bowtie,由于我的系统是已经装过了的，所以这里没给出这两个软件的安装过程。

软件自带测试数据集，用法如下

CallHaplotypesPE.sh test2/ test2/gm12878_short_1.fastq test2/gm12878_short_2.fastq

只需要指定双端测序的原始文件就可以了，默认分型结果保存在haplotypes.txt中，该文件内容示意如下

ROOT:A ROOT:A:11 ROOT:A:11:01 ROOT:A:11:01:04
ROOT:A ROOT:A:01 ROOT:A:01:01 ROOT:A:01:01:01 ROOT:A:01:01:01:01
ROOT:B ROOT:B:55 ROOT:B:55:01 ROOT:B:55:01:01
ROOT:B ROOT:B:08 ROOT:B:08:01 ROOT:B:08:01:01

在上述文件中，HLA-A基因的分型结果为A:11:01:04和A:01:01:01:01。

更多参数和用法请参考软件的帮助文档。

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