新型冠状病毒的信息汇总与分析 (形态,分类,基因组,进化,变异,流行病学)

本文主要是介绍新型冠状病毒的信息汇总与分析 (形态,分类,基因组,进化,变异,流行病学),希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

文章目录

      • 介绍
      • 冠状病毒形态
      • 分类
      • 基因组
      • 参考基因组序列
      • 蛋白质三维结构
      • 基因组流行病学分析
      • 基因组变异及进化树

介绍

新型冠状病毒武汉株01的电镜照片

新型冠状病毒,是一类具有包膜、基因组为线性单股正链的RNA病毒,颗粒呈圆形或椭圆形,直径约60-140nm。

正链意味着病毒进入细胞后就可以直接指导蛋白质合成,而且通过RNA聚合酶生成负链来进行自我复制

此次武汉发现的冠状病毒是新发现的在人类中传播的病毒株系,被WHO命名为2019新型冠状病毒(2019-nCoV)。

其他与之同属于冠状病毒会感染人类并引起疾病,比如中东呼吸综合征(MERS)和严重急性呼吸综合征(SARS),其症状可从普通感冒到重症肺部感染。

冠状病毒形态

数据来源:Centers for Disease Control and Prevention (CDC)

  • 刺突糖蛋白(Spike,S):组成病毒粒表面有球棒状的突出部分,属于I型跨膜蛋白。可以被S酶分解为S1和S2两个功能单位 。S1用来促进病毒结合到宿主细胞受体,与宿主受体互作区(RBD区)与受体结合。这个区域可以与ACE2蛋白结合,如果结合完成,那么新型冠状病毒就会感染人呼吸道上皮细胞,进而导致肺炎。
  • 血凝素-酯酶蛋白(hemagglutinin-esterase,HE):β冠状病毒属(新型冠状病毒)的结构,I型跨膜蛋白
  • 膜糖蛋白(membrane glycoprotein,M):通过三个跨膜结构域嵌入病毒包膜里
  • 包膜蛋白(envelope,E):跨膜蛋白
  • 核衣壳(nucleocapsid,N) :以串珠的形式结合到RNA基因组上,形成螺旋对称的核衣壳

分类

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基因组

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参考基因组序列

  • NCBI

    第一个上传的基因组数据

    Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome

    这一版本的基因组相对后面发布的基因组,有更加全面的信息,详细内容进https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

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作者在上传基因组数据的声明,这个基因组的发布引起的学术纠纷不再赘述

http://virological.org/t/novel-2019-coronavirus-genome/319

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  • 国家基因库

    链接:https://db.cngb.org/search/assembly/CNA0007332/

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    比如基因组下载:ftp://ftp.cngb.org/pub/CNSA/CNP0000881/CNS0191792/CNA0007332/2019-nCoV_WH01.completeGenome.fa.gz

    其他更新ID:CNA0007332 ,CNA0007333 ,CNA0007334 ,CNA0007335

  • 国家基因组科学数据中心

    https://bigd.big.ac.cn/gwh/Assembly/947/show

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    其他更新ID:GWHABKF00000000 ,GWHABKG00000000 ,GWHABKH00000000 ,GWHABKI00000000 ,GWHABKJ00000000

蛋白质三维结构

1月26日,上海科技大学饶子和/杨海涛课题组测定的2019-nCoV冠状病毒的部分高分率晶体结构
COVID-19主蛋白酶与抑制剂N3配合物的晶体结构
目前PDB ID: 6LU7

联系 liux@nankai.edu.cn

在这里插入图片描述

基因组流行病学分析

https://nextstrain.org/ncov

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基因组变异及进化树

最近,国家基因组中心更新了 2019nCoVR 专题,链接:https://bigd.big.ac.cn/ncov/

  • 基因组序列信息

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  • 基因组变异分析

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  • 进化树分析(来自NGDC)

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其他信息:

https://www.who.int/westernpacific/emergencies/novel-coronavirus


参考:

https://mp.weixin.qq.com/s/RcOtYOnk5xRpyf5KH01dnQ

https://phil.cdc.gov/Details.aspx?pid=23312

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