绘制包含Fold Change的差异代谢产物HMDB(KEGG)分类图

2024-04-29 01:58

本文主要是介绍绘制包含Fold Change的差异代谢产物HMDB(KEGG)分类图,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

前言

前两天画KEGG的分类图师兄路过看到了让帮也画一个,一问是两个分组,于是建议参考这篇 Multi-omics reveals that the rumen microbiome and its metabolome together with the host metabolome contribute to individualized dairy cow performance 画差异代谢物的HMDB图就行,还能标出fold change值,简洁明了

数据准备工作

  • 找到包含差异代谢产物信息的公司结果对应的如Con vs Exp.pos.annotation.csv文件,用 Excel 打开
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  • 利用数据透视表,把差异代谢物根据HMDB的SuperClass进行分类,并标出log2FC值,整理成如下(为了之后出图美观,这一步可对每一组的产物根据log2FC值进行排序,选择up值在前还是down值在前;或者把文章中要讨论的关注的点放在前面等)
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图片的初步绘制

graphpad prism绘制柱状图

  • 打开 graphpad prism ,选择默认的 Column 模板

    image-20220112200056925

  • 录入数据(可将上面数据透视表的数据在excel中用转置粘贴功能变成横向的,方便graphpad录入)

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  • 根据数据集创建Graphs,如下图选择横向柱状图,plot选择均值mean就行,因为每个差异代谢物只对应一个log2FC值
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  • 生成后如下图
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图片的粗加工

  • 这时graphpad直接生成的图y轴纵坐标连差异代谢物的名字条目都没显示全,我录入了26种差异代谢物,这里只显示了十来个,缺失是因为限制了显示高度

    • 双击y轴差异代谢物的名字,在弹出的对话框中,红框处调整合适的高度大小,绿框是给每个代谢物间加间隔虚线(美观)
    image-20220112201342175
    • 调整之后
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  • 针对x轴和y轴,以及bar的粗细颜色等细节,可以直接导进AI里调整,也可以在graphpad里修,这里举例去掉y轴刻度线:双击y轴,在弹出的对话框选择如下

image-20220112202040654 image-20220112202156874

Adobe Illustrator精加工

  • 将graphpad中的图片导出为pdf格式,打开 Adobe Illustrator,从右上角文件-打开处导入刚刚存的pdf图(pdf格式方便修改,这样导入才能编辑,直接拖入无法编辑)
  • 双击选中y轴和x轴0刻度的分界线按键盘Del键删除,鼠标左键配合shift键多选bar/name调整颜色
  • 选择直线段工具,根据前面数据透视表画竖线,并选择文字工具编辑对应HMDB分类
  • 调整间距,对齐等细节,最终图如下
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这篇关于绘制包含Fold Change的差异代谢产物HMDB(KEGG)分类图的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/944832

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