代谢组数据分析五:溯源分析

2024-04-29 00:36

本文主要是介绍代谢组数据分析五:溯源分析,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

MetOrigin Analysis {#MetOriginAnalysis}

微生物群及其代谢产物与人类健康和疾病密切相关。然而,理解微生物组和代谢物之间复杂的相互作用是具有挑战性的。

在研究肠道代谢物时,代谢物的来源是一个无法避免的问题即代谢物到底是来自肠道微生物的代谢还是宿主本身代谢产生的。2022年Yu, Gang et.al.发表的[@yu2022metorigin]提供了一个可以区分为微生物还是宿主代谢物的工具。

该工具的核心是一个人工检验过具有微生物和宿主等标签的代谢物数据库。

  • 微生物独有的代谢物

  • 宿主独有代谢物

  • 两者都可以代谢的代谢物

  • 其他类型(未知)

该工具没有提供R版本,需要到其网站使用。本教程只提供如何准备网站所需的输入文件。

加载R包

knitr::opts_chunk$set(message = FALSE, warning = FALSE)
library(tidyverse)# rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
options(future.globals.maxSize = 1000 * 1024^2)grp_names <- c("None", "Mild", "Moderate", "Severe")
grp_colors <- c("#7DD06F", "#844081", "#688EC1", "#C17E73")

这篇关于代谢组数据分析五:溯源分析的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/944674

相关文章

MyBatis Plus 中 update_time 字段自动填充失效的原因分析及解决方案(最新整理)

《MyBatisPlus中update_time字段自动填充失效的原因分析及解决方案(最新整理)》在使用MyBatisPlus时,通常我们会在数据库表中设置create_time和update... 目录前言一、问题现象二、原因分析三、总结:常见原因与解决方法对照表四、推荐写法前言在使用 MyBATis

Python主动抛出异常的各种用法和场景分析

《Python主动抛出异常的各种用法和场景分析》在Python中,我们不仅可以捕获和处理异常,还可以主动抛出异常,也就是以类的方式自定义错误的类型和提示信息,这在编程中非常有用,下面我将详细解释主动抛... 目录一、为什么要主动抛出异常?二、基本语法:raise关键字基本示例三、raise的多种用法1. 抛

github打不开的问题分析及解决

《github打不开的问题分析及解决》:本文主要介绍github打不开的问题分析及解决,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录一、找到github.com域名解析的ip地址二、找到github.global.ssl.fastly.net网址解析的ip地址三

Mysql的主从同步/复制的原理分析

《Mysql的主从同步/复制的原理分析》:本文主要介绍Mysql的主从同步/复制的原理分析,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录为什么要主从同步?mysql主从同步架构有哪些?Mysql主从复制的原理/整体流程级联复制架构为什么好?Mysql主从复制注意

Python数据分析与可视化的全面指南(从数据清洗到图表呈现)

《Python数据分析与可视化的全面指南(从数据清洗到图表呈现)》Python是数据分析与可视化领域中最受欢迎的编程语言之一,凭借其丰富的库和工具,Python能够帮助我们快速处理、分析数据并生成高质... 目录一、数据采集与初步探索二、数据清洗的七种武器1. 缺失值处理策略2. 异常值检测与修正3. 数据

java -jar命令运行 jar包时运行外部依赖jar包的场景分析

《java-jar命令运行jar包时运行外部依赖jar包的场景分析》:本文主要介绍java-jar命令运行jar包时运行外部依赖jar包的场景分析,本文给大家介绍的非常详细,对大家的学习或工作... 目录Java -jar命令运行 jar包时如何运行外部依赖jar包场景:解决:方法一、启动参数添加: -Xb

Apache 高级配置实战之从连接保持到日志分析的完整指南

《Apache高级配置实战之从连接保持到日志分析的完整指南》本文带你从连接保持优化开始,一路走到访问控制和日志管理,最后用AWStats来分析网站数据,对Apache配置日志分析相关知识感兴趣的朋友... 目录Apache 高级配置实战:从连接保持到日志分析的完整指南前言 一、Apache 连接保持 - 性

Linux中的more 和 less区别对比分析

《Linux中的more和less区别对比分析》在Linux/Unix系统中,more和less都是用于分页查看文本文件的命令,但less是more的增强版,功能更强大,:本文主要介绍Linu... 目录1. 基础功能对比2. 常用操作对比less 的操作3. 实际使用示例4. 为什么推荐 less?5.

spring-gateway filters添加自定义过滤器实现流程分析(可插拔)

《spring-gatewayfilters添加自定义过滤器实现流程分析(可插拔)》:本文主要介绍spring-gatewayfilters添加自定义过滤器实现流程分析(可插拔),本文通过实例图... 目录需求背景需求拆解设计流程及作用域逻辑处理代码逻辑需求背景公司要求,通过公司网络代理访问的请求需要做请

Java集成Onlyoffice的示例代码及场景分析

《Java集成Onlyoffice的示例代码及场景分析》:本文主要介绍Java集成Onlyoffice的示例代码及场景分析,本文给大家介绍的非常详细,对大家的学习或工作具有一定的参考借鉴价值,需要... 需求场景:实现文档的在线编辑,团队协作总结:两个接口 + 前端页面 + 配置项接口1:一个接口,将o