【文献分享】MOSAICS 程序: 用于分析模拟轨迹中的膜结构和动力学的软件套件

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题目：MOSAICS: A software suite for analysis of membrane structure and dynamics in simulated trajectories

链接： DOI: 10.1016/j.bpj.2022.11.005

MOSAICS：用于分析模拟轨迹中的膜结构和动力学的软件套件

分子动力学 (MD) 模拟已成为膜生物物理学中主要的计算分析方法，因为该技术特别适用于通过相关物理原理研究复杂的分子系统。由于范围和性能的不断改进，通过这种方法生成的轨迹包含的信息量不断增加，必须在后分析中使用不仅具有机械洞察力而且计算效率高且高度可扩展的工具来综合和简化这些信息。在这里，我们介绍了 MOSAICS，这是一套独立的高性能 C++ 软件工具，专为从 MD 轨迹对脂质双层结构和动力学进行高级分析而设计。据我们所知，MOSAICS 是同类中最全面的软件套件，无论系统大小或分辨率如何，都可以分析简单膜和复杂膜的各种形态和动力学特性。重要的是，MOSAICS 旨在提供所有计算量的空间分布，内置掩蔽工具、噪声过滤和统计显着性指标，以促进轨迹数据的定量解释；它还是完全并行化的，因此可以利用超级计算设施的能力。尽管技术复杂，但 MOSAICS 是用户友好的，并且需要最少的计算专业知识，使所有技能水平的研究人员都可以使用它。该软件套件可在以下网址免费下载重要的是，MOSAICS 旨在提供所有计算量的空间分布，内置掩蔽工具、噪声过滤和统计显着性指标，以促进轨迹数据的定量解释；它还是完全并行化的，因此可以利用超级计算设施的能力。尽管技术复杂，但 MOSAICS 是用户友好的，并且需要最少的计算专业知识，使所有技能水平的研究人员都可以使用它。该软件套件可在以下网址免费下载重要的是，MOSAICS 旨在提供所有计算量的空间分布，内置掩蔽工具、噪声过滤和统计显着性指标，以促进轨迹数据的定量解释；它还是完全并行化的，因此可以利用超级计算设施的能力。尽管技术复杂，但 MOSAICS 是用户友好的，并且需要最少的计算专业知识，使所有技能水平的研究人员都可以使用它。该软件套件可在以下网址免费下载它还是完全并行化的，因此可以利用超级计算设施的能力。尽管技术复杂，但 MOSAICS 是用户友好的，并且需要最少的计算专业知识，使所有技能水平的研究人员都可以使用它。该软件套件可在以下网址免费下载它还是完全并行化的，因此可以利用超级计算设施的能力。尽管技术复杂，但 MOSAICS 是用户友好的，并且需要最少的计算专业知识，使所有技能水平的研究人员都可以使用它。该软件套件可在以下网址免费下载https://github.com/MOSAICS-NIH/。