9.windows ubuntu 子系统，centrifuge：微生物物种分类。

本文主要是介绍9.windows ubuntu 子系统，centrifuge：微生物物种分类。，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

上次我们用了karken2和bracken进行了物种分类，这次我们使用centrifuge.

Centrifuge 是一种用于快速和准确进行微生物分类和物种鉴定的软件。其主要功能包括：

快速分类和物种鉴定: Centrifuge 可以对高通量测序数据（如 metagenomic 或 RNA-Seq 数据）进行快速的微生物分类和物种鉴定。通过比对序列数据与已知的参考数据库，Centrifuge可以快速而准确地确定每个序列的来源微生物学分类。
精确性: Centrifuge 使用了一种快速的压缩算法来加速分类过程，同时不牺牲准确性。它能够在短时间内处理大规模的测序数据，并提供高质量的分类结果。
多样性分析: 除了物种鉴定外，Centrifuge 还可以提供关于微生物群落多样性和组成的相关信息。这对于研究微生物群落结构、功能和生态学角度的应用非常有用。
支持不同类型的测序数据: Centrifuge 不仅适用于 metagenomic 数据，也可以用于其他类型的测序数据，例如 RNA-Seq 数据，从而帮助研究人员更全面地理解微生物组成和功能。
centrifuge是一种非常快速且省内存的软件，用于对微生物样本中的DNA序列进行分类，具有比其他领先系统更好的灵敏度和可比的准确性。该系统使用了一种基于Burrows-Wheeler变换（BWT）和Ferragina Manzini（FM）索引的新索引方案，专门针对宏基因组分类问题进行了优化。centrifuge需要相对较小的索引（例如，约4100个细菌基因组需要4.3GB），但分类速度非常快，可以在一小时内处理典型的DNA测序。

#安装centrifuge，有两种安装方法

第一种，conda 安装

conda create -n centrifuge python=3.6

conda activate centrifuge

# 下载软件

mamba install -y centrifuge

第二种方法登录 Centrifuge (jhu.edu) 官网，选择满足自己需求的版本，解压缩，添加环境目录到~/.bashrc,再source ~/.bashrc，激活一下。