pymol可视化蛋白质-蛋白质相互作用

一、准备工作

在淘宝花6元购买pymol并安装（可以在windows上使用！）；在在线对接软件上提交两种蛋白pdb文件得到对接结果的pdb文件，下载后打开pymol，导入对接结果的pdb文件：

file open 选择文件路径

一般线上对接软件导出的对接结果pdb文件会有两个对象object：一个配体ligand和受体receptor，为了后面方便命令输入，可以修改名称简化表示

set_name old_name, new_name

注意！pymol中特有的对象是“图层”(之后会用到)，它初始在object上表示为（sele），但是其实其真实名称就是sele，因此修改名称时正确输入为

set_name sele, new_name

由于表示化学键时，蛋白质结构最好用球棍模型(stick)来表示，给出一种高级的，只在相互作用附近展示球棍模型，大部分保留卡通模型的命令

show sticks, byres rec_name within 5 of lig_nameshow sticks, byres lig_name within 5 of rec_name

其次可以微调透明度和背景

#修改透明度，透明度约接近于1，越不透明
set cartoon_transparency, 0.60#修改背景颜色
bg_color, white

注：很有启发的一篇博客

Pymol（1.8.6）作图技巧之cartoon和surface镶嵌模型_pymol怎么更改卡通形状-CSDN博客

二、接触位点可视化

1、首先将键展示出来

A find polar contacts to any atoms

出现新的包含键的文件

2、成键位点的标注

（1）放大：

1）点击含键文件的A zoom即可放大到分析级大小，直接用鼠标放大到一定程度会消失；

2）同时，点击右下角的F全屏，会有全新的视野用以标注接触的residue

（2）标注：先标rec或lig的一个，隐藏另一个；反之同理；最后会出现一个图层文件，包含了键和相应的成键位点

为了更加清晰，可以隐藏无用的接触面附近的stick

rec/lig对象 H sticks

然后，突触图层文件的成键情况

成键图层 S sticks

（3）显示位点编号

图层文件 Label residues(1 letter)

有些位点编号与结构相互遮挡，需要调整，这里不需要输入命令行，直接鼠标操作

点击“3-Button Viewing”变为“3-Button Editing”，似乎点击后下次开启就自动变为Editing了，然后在长按ctrl键的前提下，鼠标长按移动可改变位点编号的位置

！如果鼠标点击了蛋白质的结构后拖动，结构会随鼠标移动发生形变！

三、生成导出图片

点击Draw/Ray即可生成图片！

参考资料：

PyMOL入门基础--分子三维结构可视化教程（上篇） - 知乎

使用 PyMOL 可视化蛋白质-蛋白质对接 - 知乎

new bing chat