生信工具 | TIGA: Target Illumination GWAS Analytics

2024-01-03 04:20

本文主要是介绍生信工具 | TIGA: Target Illumination GWAS Analytics,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

全基因组关联研究(GWAS)可以揭示重要的基因型-表型关联,但数据质量和可解释性问题必须得到解决。对于根据现有证据确定目标靶点的药物发现科学家来说,这些问题已不是单一的药物发现研究。作者开发的TIGA(Target Illumination GWAS Analytics)通过对全基因组关联研究(GWAS)中与性状相关的蛋白质编码基因进行评分和排序,促进药物靶点的发现。TIGA可以用相同的基因-性状关联指标对性状进行评分和排序。这一重点应用提供了一种合理的方法,通过该方法,GWAS的发现可以被聚合和过滤,以获得适用的信息,并为药物发现科学家提供可用的证据,为确认药物靶点的优先级,以便于研究。

我们可以通过Trait和基因名称进行检索,Traits 被map到EFO, EFO是Experimental Factor Ontology,实验性因素本体论,和GO本体论近似的一个概念,实验性因素本体论(EFO)提供了EBI数据库中可用的许多实验性变量的系统描述,并用于GWAS目录等项目,可以参考:https://www.ebi.ac.uk/efo/。

比如我们输入EGFR

结果栏efold是EFO的ID,同GO的ID类似,Traits就是对应的名称了,其他列的注释如下:

切换到HitsPlot以图形的形式展示。

在traits栏可以查看与性状相关的基因个数。

相反。在GENEs栏可以查看与基因相关的性状个数。

在Studies栏可以查询相关的研究文献信息。

可以直接下载数据:

关于该工具的介绍,可以参阅:https://unmtid-shinyapps.net/shiny/tiga/

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