生信工具 | TIGA: Target Illumination GWAS Analytics

2024-01-03 04:20

本文主要是介绍生信工具 | TIGA: Target Illumination GWAS Analytics,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

全基因组关联研究(GWAS)可以揭示重要的基因型-表型关联,但数据质量和可解释性问题必须得到解决。对于根据现有证据确定目标靶点的药物发现科学家来说,这些问题已不是单一的药物发现研究。作者开发的TIGA(Target Illumination GWAS Analytics)通过对全基因组关联研究(GWAS)中与性状相关的蛋白质编码基因进行评分和排序,促进药物靶点的发现。TIGA可以用相同的基因-性状关联指标对性状进行评分和排序。这一重点应用提供了一种合理的方法,通过该方法,GWAS的发现可以被聚合和过滤,以获得适用的信息,并为药物发现科学家提供可用的证据,为确认药物靶点的优先级,以便于研究。

我们可以通过Trait和基因名称进行检索,Traits 被map到EFO, EFO是Experimental Factor Ontology,实验性因素本体论,和GO本体论近似的一个概念,实验性因素本体论(EFO)提供了EBI数据库中可用的许多实验性变量的系统描述,并用于GWAS目录等项目,可以参考:https://www.ebi.ac.uk/efo/。

比如我们输入EGFR

结果栏efold是EFO的ID,同GO的ID类似,Traits就是对应的名称了,其他列的注释如下:

切换到HitsPlot以图形的形式展示。

在traits栏可以查看与性状相关的基因个数。

相反。在GENEs栏可以查看与基因相关的性状个数。

在Studies栏可以查询相关的研究文献信息。

可以直接下载数据:

关于该工具的介绍,可以参阅:https://unmtid-shinyapps.net/shiny/tiga/

这篇关于生信工具 | TIGA: Target Illumination GWAS Analytics的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/564556

相关文章

使用Python开发Markdown兼容公式格式转换工具

《使用Python开发Markdown兼容公式格式转换工具》在技术写作中我们经常遇到公式格式问题,例如MathML无法显示,LaTeX格式错乱等,所以本文我们将使用Python开发Markdown兼容... 目录一、工具背景二、环境配置(Windows 10/11)1. 创建conda环境2. 获取XSLT

Python实现微信自动锁定工具

《Python实现微信自动锁定工具》在数字化办公时代,微信已成为职场沟通的重要工具,但临时离开时忘记锁屏可能导致敏感信息泄露,下面我们就来看看如何使用Python打造一个微信自动锁定工具吧... 目录引言:当微信隐私遇到自动化守护效果展示核心功能全景图技术亮点深度解析1. 无操作检测引擎2. 微信路径智能获

Java中的工具类命名方法

《Java中的工具类命名方法》:本文主要介绍Java中的工具类究竟如何命名,本文给大家介绍的非常详细,对大家的学习或工作具有一定的参考借鉴价值,需要的朋友参考下吧... 目录Java中的工具类究竟如何命名?先来几个例子几种命名方式的比较到底如何命名 ?总结Java中的工具类究竟如何命名?先来几个例子JD

MySql match against工具详细用法

《MySqlmatchagainst工具详细用法》在MySQL中,MATCH……AGAINST是全文索引(Full-Textindex)的查询语法,它允许你对文本进行高效的全文搜素,支持自然语言搜... 目录一、全文索引的基本概念二、创建全文索引三、自然语言搜索四、布尔搜索五、相关性排序六、全文索引的限制七

基于Java实现回调监听工具类

《基于Java实现回调监听工具类》这篇文章主要为大家详细介绍了如何基于Java实现一个回调监听工具类,文中的示例代码讲解详细,感兴趣的小伙伴可以跟随小编一起学习一下... 目录监听接口类 Listenable实际用法打印结果首先,会用到 函数式接口 Consumer, 通过这个可以解耦回调方法,下面先写一个

使用Python构建一个Hexo博客发布工具

《使用Python构建一个Hexo博客发布工具》虽然Hexo的命令行工具非常强大,但对于日常的博客撰写和发布过程,我总觉得缺少一个直观的图形界面来简化操作,下面我们就来看看如何使用Python构建一个... 目录引言Hexo博客系统简介设计需求技术选择代码实现主框架界面设计核心功能实现1. 发布文章2. 加

JS+HTML实现在线图片水印添加工具

《JS+HTML实现在线图片水印添加工具》在社交媒体和内容创作日益频繁的今天,如何保护原创内容、展示品牌身份成了一个不得不面对的问题,本文将实现一个完全基于HTML+CSS构建的现代化图片水印在线工具... 目录概述功能亮点使用方法技术解析延伸思考运行效果项目源码下载总结概述在社交媒体和内容创作日益频繁的

基于Python打造一个全能文本处理工具

《基于Python打造一个全能文本处理工具》:本文主要介绍一个基于Python+Tkinter开发的全功能本地化文本处理工具,它不仅具备基础的格式转换功能,更集成了中文特色处理等实用功能,有需要的... 目录1. 概述:当文本处理遇上python图形界面2. 功能全景图:六大核心模块解析3.运行效果4. 相

springboot项目中常用的工具类和api详解

《springboot项目中常用的工具类和api详解》在SpringBoot项目中,开发者通常会依赖一些工具类和API来简化开发、提高效率,以下是一些常用的工具类及其典型应用场景,涵盖Spring原生... 目录1. Spring Framework 自带工具类(1) StringUtils(2) Coll

基于Python实现高效PPT转图片工具

《基于Python实现高效PPT转图片工具》在日常工作中,PPT是我们常用的演示工具,但有时候我们需要将PPT的内容提取为图片格式以便于展示或保存,所以本文将用Python实现PPT转PNG工具,希望... 目录1. 概述2. 功能使用2.1 安装依赖2.2 使用步骤2.3 代码实现2.4 GUI界面3.效