如何使用robex处理MRI大脑图片+后续工作疑问

.在昨天到今天下午，一直很烦恼如何去使用robex对MRI照片进行处理（剥离脑壳），刚刚终于知道应该如何处理。

我在robex软件的讨论区发现了配准模板在ref_vols文件夹下，将其中的压缩文件中的nii照片在matlab中读取并查看以后，发现模板是一组的二维切面（3D volume）。分析和查看nii格式照片的工具包在https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image?requestedDomain=zh下载。

查看nii文件的Matlab代码为nii = load_nii(‘文件’); view_nii(nii)。

使用robex对的步骤如下：

1. 将数据文件夹中的T1照片（.dcm格式）成组地转化为一个nii文件，即把一组二维的T1照片转变为三维的照片

首先在Help->preferences中设置中输出等设置，

然后选择File->DICOM2NIfTI，选中要转化的一个病人的一组T1的slice（二维切面），生成了一个在slice文件（.dcm后缀）目录下的nii文件。

1. 然后使用robex生成剥离脑壳的经处理nii文件（并不是用matlab使用reslice_nii命令处理后的nii文件，而是直接由mricron软件即步骤1产生的nii文件。步骤1生成的文件无法使用matlab展示，需使用resilce_nii(‘old_file_position’,’new_file_position’)处理后生成的文件查看）。

命令是runROBEX.bat inputFile strippedFile [outputMaskFile] [seed] 参数1是DICOM2NIfTI处理后的三维文件，参数2是自己命名的输出文件（命令输入前可不存在）

剩余问题：

1. 如何批量将成组T1 slice（即多个病人的T1 slice）转化成nii的三维文件

2. 如何用原始的照片减去robex剥离脑壳的照片得到脑壳。

3. 使用unex、vnex及这两种网络的变种训练数据。