总的来说，从MyISAM转向InnoDB的注意事项有：
1、MyISAM的主键索引中，可以在非第一列(非第一个字段)使用自增列，而InnoDB的主键索引中包含自增列时，必须在最前面；这个特性在discuz论坛中，被设计用于“抢楼”功能，因此，若有类似的业务，则无法将该表从MyISAM转成InnoDB，需要自行变通实现（我们则是将其改到Redis中实现）；
2、不带条件频繁统计全表总记录数时(SELECT COUNT(*) FROM TAB)，InnoDB相对较慢，而MyISAM则飞快；不过，如果是基于索引条件的统计，则二者相差不大；
3、InnoDB在5.6以前不支持全文索引，不过这个相信无所谓，没什么人会在MySQL里直接跑全文索引，尤其是对中文的全文索引（前阵子有开发同学提需求直接被我否了），确实有需要的话，可以采用Sphinx、Lucene等其他方案实现；
4、一次性导入大量数据并且后续还要进行加工处理的，可以先导入到MyISAM引擎表中，经过一通加工处理完后，再导入InnoDB表（我曾经在业务中用此方法提高数据批量导入及处理效率）；
5、InnoDB不支持LOAD TABLE FROM MASTER语法（不过应该也很少人使用吧）； 从MyISAM转成InnoDB可以享受的好处则有：
1、完整事务特性支持，以及更高的数据并发存取效率，即更高的TPS； 2、数据库实例异常重启后，InnoDB表能自动修复，而且速度相对更快，而MyISAM需要被触发才能修复，且相对耗时可能多4~5倍甚至更多； 3、更高的数据读取性能，因为InnoDB把数据及索引同时缓存在内存中，而MyISAM只缓存了索引； 4、InnoDB支持外键（不过在MySQL中，应该很少人用到外键）；
两个引擎间的重要区别详情见下：
MyISAM引擎的特点：1、堆组织表；
2、不支持事务；
3、数据文件和索引文件分开存储；
4、支持全文索引；
5、主键索引和二级索引完全一样都是B+树的数据结构，只有是否唯一的区别（主键和唯一索引有唯一属性，其他普通索引没有唯一属性。B+树叶子节点存储的都是指向行记录的row pointer）；
6、有特殊计数器记录当前记录数；
7、不支持Crash recovery;
8、索引文件很容易损坏；
InnoDB引擎的特点
1、索引组织表；
2、支持事务；
3、数据文件和索引文件存储在同一个表空间中；
4、在5.6以前，不支持全文索引；
5、主键和二级索引数据结构一样都是B+树，但叶子节点存储的键值不一样（主键的叶子节点存储整行数据，因此也称为聚集索引；而二级索引的叶子节点存储的是主键的键值）
5、支持Crash recovery；
6、相同数据量时，InnoDB表空间文件大小约为MyISAM引擎的1.5~2倍；
关于InnoDB、MyISAM两种引擎的对比测试，可以参考Percona的这个对比：http://www.percona.com/blog/2007/01/08/innodb-vs-myisam-vs-falcon-benchmarks-part-1/
