中美数据实现实时共享:首批中国自主收录的新冠病毒基因组序列在CNBC/NGDC和NCBI同时发布...

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据中国科学院北京基因组研究所的官网显示,国家生物信息中心(CNCB)/国家基因组科学数据中心(NGDC)首批自主收录的5株2019新型冠状病毒基因组序列与美国NCBI核酸数据库GenBank数据实现了同步与共享。

CNCB/NGDC建立的2019新型冠状病毒信息库(2019nCoVR)至上线以来,汇交并整合了全球范围内的82株病毒共87条非冗余基因组序列信息,成为目前全球收录2019新型冠状病毒基因组数目最多的数据库。同时,在中科院网络中心带宽的支持下,CNCB/NGDC为106个国家/地区的3万余访客提供了数据服务,序列文件被下载超过30万次,为推动2019新型冠状病毒生物信息数据汇交与共享、科研攻关起到了至关重要的支撑作用。

数据猿备注:

1、国家生物信息中心(CNCB)/国家基因组科学数据中心(NGDC)建立的2019新型冠状病毒信息库(2019nCoVR)地址:

https://bigd.big.ac.cn/ncov/,或直接点击文末“阅读原文”查看

2、比尔及梅琳达·盖茨基金会、清华大学和北京市政府共同创立和建设的全球健康药物研发中心(GHDDI)上线建立的新型冠状病毒(2019-nCoV)一站式科研数据与信息共享平台 “Targeting2019-nCoV”地址:

https://ghddi-ailab.github.io/Targeting2019-nCoV/,也可点击“这里”查看。

为了进一步扩大2019-nCoV基因组序列的应用范围,CNCB/NGDC与国际生物信息数据库共同建立了数据同步共享机制。第一批中国自主收录的5个2019-nCoV全基因组序列(序列编号为GWHABKF00000000-GWHABKJ00000000)已经在NCBI发布(序列编号为MT019529- MT019533,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT019529,MT019530,MT019531,MT019532,MT019533)。

通过这样的共享机制,国内研究人员只需要将数据递交一次,就可以实现数据在CNBC/NGDC和NCBI同时发布,给研究人员带来了很大便利。

后续,CNCB/NGDC将继续推动数据的同步与共享,为全球科研人员开展对新型冠状病毒的深入研究与疫情防控提供方便快捷的数据支撑服务。

数据同步页面截图示例

来源:中国科学院北京基因组研究所

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