经典泛癌纯生信思路，适合小白学习。赶紧来学

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今天给同学们分享一篇生信文章“A Systematic Pan-Cancer Analysis of MEIS1 in Human Tumors as Prognostic Biomarker and Immunotherapy Target”，这篇文章发表在J Clin Med期刊上，影响因子为3.9。

结果解读：

MEIS1在癌症中的差异表达

TIMER2.0对MEIS1在不同癌症中表达的结果如图1a所示，在膀胱尿路上皮癌（BLCA）、乳腺浸润癌（BRCA）、COAD、HNSC、肾乳头状细胞癌（KIRP）、LUAD、肺鳞状细胞癌（LUSC）中，MEIS1下调（肿瘤组的基因表达低于对照组），前列腺癌（PRAD）、直肠腺癌（READ）、甲状腺癌（THCA）和子宫体子宫内膜癌（UCEC）（p<0.001）、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤（PCPG）（p<0.01）、胃腺癌（STAD）、宫颈鳞状细胞癌和宫颈腺癌（CESC）（p<0.05）。MEIS1在胆管癌（CHOL）、肝细胞癌（LIHC）和多形性胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤组织中的表达高于正常组织。

MEIS1在不同癌症中的预后指标

如图2a所示，GEPIA2生存分析显示，低MEIS1表达预测ACC、HNSC和KIRC患者的OS较差（p<0.01），而高MEIS1表示预测COAD患者的OS较低（p<0.05）和LGG患者的OS（p<0.001）。如图2b所示，高MEISl表达预测COAD和KIRP患者的DFS较差（p<0.01）以及LGG患者（p<0.001），而低MEIS1表达预测HNSC患者的DFS较差（p<0.05）。

MEIS1基因分析数据的变更

根据图3a，在NSCLC中，基因变化的频率最高（3.51%），突变是基因变化的主要类型。突变是ESCC、黑色素瘤、子宫内膜癌、食管胃腺癌、结直肠癌癌症、宫颈鳞状细胞癌、肾上腺皮质癌症和肝细胞癌的主要遗传变化类型。同样，扩增成为卵巢上皮肿瘤、膀胱尿路上皮癌、成熟B细胞肿瘤和前列腺癌中MEIS1基因改变的主要类型。此外，图3b包含了更多的细节，如突变类型、位点和以“错义”为主要突变类型的病例数。在2名COAD患者中可以观察到R102Afs*20突变，而在一名UCEC患者中可以检测到R102Pfs*18突变。作者没有在MEIS1基因中发现任何热点突变。

MEIS1在不同癌症中的磷酸化和启动子甲基化表达

磷酸化途径的改变与癌症密切相关。基于CPTAC数据集，纳入癌症、癌症、癌症、ccRCC、UCEC、LUAD和儿童脑癌症，以探索其肿瘤组织与正常组织之间的磷酸化水平。最终，图4a中提供了四种类型癌症的方框图。在卵巢癌症中，肿瘤组织与正常组织的MEIS1磷酸化水平（S194、S196和T202）无统计学差异，而正常组织中LUAD（p＜0.001）、ccRCC（p＜0.01）和UCEC（p＜001）中S196的磷酸化水平高于肿瘤组织。需要更多的实验证据来鉴定S196位点的MEIS1磷酸化在肿瘤发生中的作用。此外，发现原发性肿瘤中BLCA、HNSC、KIRC、KIRP、PRAD和UCEC中MEIS1的启动子甲基化水平低于正常组织（p<0.05）（图4b）。

MEIS1在不同癌症的免疫和分子亚型中的表达

如图5a所示，MEIS1在各种免疫亚型中的表达不同，包括ACC、BLCA、BRCA、CHOL、COAD、KIRC、LGG、LUAD、LUSC、胰腺癌（PAAD）、PRAD、肉瘤（SARC）、STAD、TGCT中的C1-C6，卵巢浆液性囊腺癌（OV）、PCPG、PRAD、STAD和UCEC（均p<0.05）（图5b）。

3.6.MEIS1的表达与ICPG在不同癌症中的表达有关

随后，研究了MEIS1表达与60个ICPG表达之间的相关性（图6）。在大多数癌症中，如淋巴肿瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBC）、PRAD、READ、COAD、OV、KIRC和LIHC，MEIS1的表达与大多数ICPG的表达呈正相关。这意味着MEIS1高表达的患者通过使用免疫检查点抑制剂（ICIs）将显示出更好的免疫治疗效果。然而，在TCGT和严重急性呼吸系统综合征中，MEIS1的表达与大多数ICPG的表达呈负相关。研究表明，当靶向这些ICPG时，MEIS1高表达的患者预后较差。因此，可以证明MEIS1在免疫治疗方面具有强大的潜力。

不同癌症中MEIS1表达与免疫细胞浸润和TME的相关性

根据图7中的结果，在各种癌症中，MEIS1的表达与大多数免疫细胞密切相关。MEIS1的表达与20种癌症类型的巨噬细胞_M2、19种癌症类型的CD8+T细胞、15种癌症类型的巨噬细胞-M1、13种癌症类型的巨噬细胞/M0和10种癌症类型的中性粒细胞相关。为了评估抗肿瘤免疫，如图8所示，在所有癌症中探索了MEIS1与TMB、MSI和NEO之间的关系。在ACC、STAD、STES、SARC、BLCA和KIRC中，MEIS1的表达与TMB呈负相关。就MSI而言，MEIS1在UCS、UCEC、SARC、STAD、STES、GBM、LGG、KIPAN、PRAD和HNSC中的表达与MSI呈负相关，而在TGCT中与MSI呈正相关。此外，在SARC、UCEC、KIRP、KIPAN、KIRC和LUAD中，MEIS1的表达与NEO呈负相关。

MEIS1相关基因与细胞增殖和分化相关

基于STRING，获得了50个实验支持的MEIS1结合蛋白。蛋白质-蛋白质相互作用网络如图9a所示。之后，在GEPIA2中通过相关性分析获得了100个相似基因，在图9b中，50个相互作用的基因和100个相似的基因具有3个交集基因。然后，整合147个基因进行GO和KEGG分析，如图9c所示。KEGG分析表明，“癌症转录失调”可能在MEIS1对癌症的影响中起着至关重要的作用。此外，通过GO分析，在生物过程（BP）水平上，大多数基因参与细胞分化和细胞命运的决定。在分子功能（MF）水平上，大多数基因参与调节DNA结合转录激活物和阻遏物活性、RNA聚合酶II特异性、增强子序列特异性和激活转录因子结合。最后，细胞成分（CC）也证明了这些基因与转录有关。