功能核磁共振影像分析AFNI教程（1）

AFNI有丰富的学习资源，但是入门需要编程基础。理解每个语句的含义以及掌握一些基本的Linux系统语句。首先，介绍一个学习网址，

https://www.youtube.com/playlist?list=PLIQIswOrUH6-v5EWwFdMsTZttt4407KW9

需要下载基本的学习资料以及一些范例教程。从这个网址下载示例的数据AFNI_data6以及教程。
AFNI_data6数据

https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/edu/data

首先介绍第一个fmri实验，Speech Perception Task，如图所示，受试者有两种刺激，第一种以听觉为主的刺激和第二种以视觉为主的刺激。相关具体的介绍，请查看网址实验说明

实验设计如下，一个session里面设计了3个run。每个run包含5个block的听觉刺激，和5个block的视觉刺激。每个block持续20s的时间。基线水平为10s钟的注视一个点。

TR重复次数152；
接下来为afni预处理的shell代码，

#!/bin/tcsh# - creates the most basic processing script, still in +orig space
# - currently, the tutorial correponds to the resulting proc scriptafni_proc.py -subj_id FT                \#读入数据-dsets FT/FT_epi_r?+orig.HEAD   \ -copy_anat FT/FT_anat+orig      \-tcat_remove_first_trs 2        \-regress_stim_times FT/AV*.txt  \-regress_stim_labels Vrel Arel  \-regress_basis 'BLOCK(20,1)'    \-regress_est_blur_errts         \-regress_opts_3dD               \-gltsym 'SYM: Vrel -Arel'   \

再运行如下命令，执行预处理的代码

./s01.ap.simple 

再执行以下语句，

tcsh -xef proc.FT |& tee output.proc.FT

出现如下结果表示处理完成。