Methods for follow-up research of exome analysis:外显子后续分析研究思路总结

本文主要是介绍Methods for follow-up research of exome analysis:外显子后续分析研究思路总结,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

外显子后续分析研究思路一般有以下几种(Methods for follow-up research of exome analysis):

 

1、对突变频率、突变类型、突变方式进行统计分析

Mutations statistical analysis

具体见下图:

参考文献:Di, Jiabo, et al. "Whole exome sequencing reveals intertumor heterogeneity and distinct genetic origins of sporadic synchronous colorectal cancer." International journal of cancer(2017).

 

2、对变异的保守性进行评估

Conservation score calculation

一般用Genomic Evolutionary Rate Profiling这个网站进行保守性得分评估(网址:https://personal.broadinstitute.org/mgarber/GERP/documentation.pdf)

参考文献:Wang, Binbin, et al. "Sequence variants of KHDRBS1 as high penetrance susceptibility risks for primary ovarian insufficiency by mis-regulating mRNA alternative splicing." Human Reproduction 32.10 (2017): 2138-2146.

 

3、目标基因在不同组织上表达度比较

Gene expression in different tissue

 The Human Protein Atlas database 数据库提供了基因在不同组织表达度比较的信息(网站地址:http://www.proteinatlas.org/)

参考文献:Wang, Binbin, et al. "Sequence variants of KHDRBS1 as high penetrance susceptibility risks for primary ovarian insufficiency by mis-regulating mRNA alternative splicing." Human Reproduction 32.10 (2017): 2138-2146.

 

4、碱基覆盖深度比较

Coverage depth calculation

默认理想情况下,碱基覆盖度的深浅代表插入或缺失

 

 gatk提供了碱基覆盖度的计算,参数如下:

gatk碱基覆盖度计算网址:

https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/current/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_coverage_DepthOfCoverage.php

参考文献:Fedida, Joel, et al. "Contribution of exome sequencing for genetic diagnostic in arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy/dysplasia." PloS one 12.8 (2017): e0181840.

 

5、结构和功能分析

Structural and functional analysis in mutation

swissmodel网站提供了变异氨基酸导致结构变化的可视化界面(网站地址:https://swissmodel.expasy.org/)

使用方法详见:蛋白质结构模型和功能预测:Swiss-model工具的使用

参考文献:Bölükbaşı, Esra Yıldız, et al. "Homozygous mutation in CEP19, a gene mutated in morbid obesity, in Bardet-Biedl syndrome with predominant postaxial polydactyly." Journal of medical genetics (2017): jmedgenet-2017.

 

转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/8073436.html

这篇关于Methods for follow-up research of exome analysis:外显子后续分析研究思路总结的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/301397

相关文章

Java NoClassDefFoundError运行时错误分析解决

《JavaNoClassDefFoundError运行时错误分析解决》在Java开发中,NoClassDefFoundError是一种常见的运行时错误,它通常表明Java虚拟机在尝试加载一个类时未能... 目录前言一、问题分析二、报错原因三、解决思路检查类路径配置检查依赖库检查类文件调试类加载器问题四、常见

Python中的Walrus运算符分析示例详解

《Python中的Walrus运算符分析示例详解》Python中的Walrus运算符(:=)是Python3.8引入的一个新特性,允许在表达式中同时赋值和返回值,它的核心作用是减少重复计算,提升代码简... 目录1. 在循环中避免重复计算2. 在条件判断中同时赋值变量3. 在列表推导式或字典推导式中简化逻辑

Qt实现网络数据解析的方法总结

《Qt实现网络数据解析的方法总结》在Qt中解析网络数据通常涉及接收原始字节流,并将其转换为有意义的应用层数据,这篇文章为大家介绍了详细步骤和示例,感兴趣的小伙伴可以了解下... 目录1. 网络数据接收2. 缓冲区管理(处理粘包/拆包)3. 常见数据格式解析3.1 jsON解析3.2 XML解析3.3 自定义

Python实现图片分割的多种方法总结

《Python实现图片分割的多种方法总结》图片分割是图像处理中的一个重要任务,它的目标是将图像划分为多个区域或者对象,本文为大家整理了一些常用的分割方法,大家可以根据需求自行选择... 目录1. 基于传统图像处理的分割方法(1) 使用固定阈值分割图片(2) 自适应阈值分割(3) 使用图像边缘检测分割(4)

Windows Docker端口占用错误及解决方案总结

《WindowsDocker端口占用错误及解决方案总结》在Windows环境下使用Docker容器时,端口占用错误是开发和运维中常见且棘手的问题,本文将深入剖析该问题的成因,介绍如何通过查看端口分配... 目录引言Windows docker 端口占用错误及解决方案汇总端口冲突形成原因解析诊断当前端口情况解

Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析

《Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析》:本文主要介绍Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录Java程序进程起来了但是不打印日志的原因1、日志配置问题2、日志文件权限问题3、日志文件路径问题4、程序

Java字符串操作技巧之语法、示例与应用场景分析

《Java字符串操作技巧之语法、示例与应用场景分析》在Java算法题和日常开发中,字符串处理是必备的核心技能,本文全面梳理Java中字符串的常用操作语法,结合代码示例、应用场景和避坑指南,可快速掌握字... 目录引言1. 基础操作1.1 创建字符串1.2 获取长度1.3 访问字符2. 字符串处理2.1 子字

Python 迭代器和生成器概念及场景分析

《Python迭代器和生成器概念及场景分析》yield是Python中实现惰性计算和协程的核心工具,结合send()、throw()、close()等方法,能够构建高效、灵活的数据流和控制流模型,这... 目录迭代器的介绍自定义迭代器省略的迭代器生产器的介绍yield的普通用法yield的高级用法yidle

Python获取C++中返回的char*字段的两种思路

《Python获取C++中返回的char*字段的两种思路》有时候需要获取C++函数中返回来的不定长的char*字符串,本文小编为大家找到了两种解决问题的思路,感兴趣的小伙伴可以跟随小编一起学习一下... 有时候需要获取C++函数中返回来的不定长的char*字符串,目前我找到两种解决问题的思路,具体实现如下:

C++ Sort函数使用场景分析

《C++Sort函数使用场景分析》sort函数是algorithm库下的一个函数,sort函数是不稳定的,即大小相同的元素在排序后相对顺序可能发生改变,如果某些场景需要保持相同元素间的相对顺序,可使... 目录C++ Sort函数详解一、sort函数调用的两种方式二、sort函数使用场景三、sort函数排序