Methods for follow-up research of exome analysis:外显子后续分析研究思路总结

本文主要是介绍Methods for follow-up research of exome analysis:外显子后续分析研究思路总结,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

外显子后续分析研究思路一般有以下几种(Methods for follow-up research of exome analysis):

 

1、对突变频率、突变类型、突变方式进行统计分析

Mutations statistical analysis

具体见下图:

参考文献:Di, Jiabo, et al. "Whole exome sequencing reveals intertumor heterogeneity and distinct genetic origins of sporadic synchronous colorectal cancer." International journal of cancer(2017).

 

2、对变异的保守性进行评估

Conservation score calculation

一般用Genomic Evolutionary Rate Profiling这个网站进行保守性得分评估(网址:https://personal.broadinstitute.org/mgarber/GERP/documentation.pdf)

参考文献:Wang, Binbin, et al. "Sequence variants of KHDRBS1 as high penetrance susceptibility risks for primary ovarian insufficiency by mis-regulating mRNA alternative splicing." Human Reproduction 32.10 (2017): 2138-2146.

 

3、目标基因在不同组织上表达度比较

Gene expression in different tissue

 The Human Protein Atlas database 数据库提供了基因在不同组织表达度比较的信息(网站地址:http://www.proteinatlas.org/)

参考文献:Wang, Binbin, et al. "Sequence variants of KHDRBS1 as high penetrance susceptibility risks for primary ovarian insufficiency by mis-regulating mRNA alternative splicing." Human Reproduction 32.10 (2017): 2138-2146.

 

4、碱基覆盖深度比较

Coverage depth calculation

默认理想情况下,碱基覆盖度的深浅代表插入或缺失

 

 gatk提供了碱基覆盖度的计算,参数如下:

gatk碱基覆盖度计算网址:

https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/current/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_coverage_DepthOfCoverage.php

参考文献:Fedida, Joel, et al. "Contribution of exome sequencing for genetic diagnostic in arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy/dysplasia." PloS one 12.8 (2017): e0181840.

 

5、结构和功能分析

Structural and functional analysis in mutation

swissmodel网站提供了变异氨基酸导致结构变化的可视化界面(网站地址:https://swissmodel.expasy.org/)

使用方法详见:蛋白质结构模型和功能预测:Swiss-model工具的使用

参考文献:Bölükbaşı, Esra Yıldız, et al. "Homozygous mutation in CEP19, a gene mutated in morbid obesity, in Bardet-Biedl syndrome with predominant postaxial polydactyly." Journal of medical genetics (2017): jmedgenet-2017.

 

转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/8073436.html

这篇关于Methods for follow-up research of exome analysis:外显子后续分析研究思路总结的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/301397

相关文章

SQL中JOIN操作的条件使用总结与实践

《SQL中JOIN操作的条件使用总结与实践》在SQL查询中,JOIN操作是多表关联的核心工具,本文将从原理,场景和最佳实践三个方面总结JOIN条件的使用规则,希望可以帮助开发者精准控制查询逻辑... 目录一、ON与WHERE的本质区别二、场景化条件使用规则三、最佳实践建议1.优先使用ON条件2.WHERE用

MyBatis Plus 中 update_time 字段自动填充失效的原因分析及解决方案(最新整理)

《MyBatisPlus中update_time字段自动填充失效的原因分析及解决方案(最新整理)》在使用MyBatisPlus时,通常我们会在数据库表中设置create_time和update... 目录前言一、问题现象二、原因分析三、总结:常见原因与解决方法对照表四、推荐写法前言在使用 MyBATis

Python主动抛出异常的各种用法和场景分析

《Python主动抛出异常的各种用法和场景分析》在Python中,我们不仅可以捕获和处理异常,还可以主动抛出异常,也就是以类的方式自定义错误的类型和提示信息,这在编程中非常有用,下面我将详细解释主动抛... 目录一、为什么要主动抛出异常?二、基本语法:raise关键字基本示例三、raise的多种用法1. 抛

github打不开的问题分析及解决

《github打不开的问题分析及解决》:本文主要介绍github打不开的问题分析及解决,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录一、找到github.com域名解析的ip地址二、找到github.global.ssl.fastly.net网址解析的ip地址三

Mysql的主从同步/复制的原理分析

《Mysql的主从同步/复制的原理分析》:本文主要介绍Mysql的主从同步/复制的原理分析,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录为什么要主从同步?mysql主从同步架构有哪些?Mysql主从复制的原理/整体流程级联复制架构为什么好?Mysql主从复制注意

Nginx Location映射规则总结归纳与最佳实践

《NginxLocation映射规则总结归纳与最佳实践》Nginx的location指令是配置请求路由的核心机制,其匹配规则直接影响请求的处理流程,下面给大家介绍NginxLocation映射规则... 目录一、Location匹配规则与优先级1. 匹配模式2. 优先级顺序3. 匹配示例二、Proxy_pa

java -jar命令运行 jar包时运行外部依赖jar包的场景分析

《java-jar命令运行jar包时运行外部依赖jar包的场景分析》:本文主要介绍java-jar命令运行jar包时运行外部依赖jar包的场景分析,本文给大家介绍的非常详细,对大家的学习或工作... 目录Java -jar命令运行 jar包时如何运行外部依赖jar包场景:解决:方法一、启动参数添加: -Xb

Android学习总结之Java和kotlin区别超详细分析

《Android学习总结之Java和kotlin区别超详细分析》Java和Kotlin都是用于Android开发的编程语言,它们各自具有独特的特点和优势,:本文主要介绍Android学习总结之Ja... 目录一、空安全机制真题 1:Kotlin 如何解决 Java 的 NullPointerExceptio

Apache 高级配置实战之从连接保持到日志分析的完整指南

《Apache高级配置实战之从连接保持到日志分析的完整指南》本文带你从连接保持优化开始,一路走到访问控制和日志管理,最后用AWStats来分析网站数据,对Apache配置日志分析相关知识感兴趣的朋友... 目录Apache 高级配置实战:从连接保持到日志分析的完整指南前言 一、Apache 连接保持 - 性

Linux中的more 和 less区别对比分析

《Linux中的more和less区别对比分析》在Linux/Unix系统中,more和less都是用于分页查看文本文件的命令,但less是more的增强版,功能更强大,:本文主要介绍Linu... 目录1. 基础功能对比2. 常用操作对比less 的操作3. 实际使用示例4. 为什么推荐 less?5.