vcf样本基因型提取--PyVCF处理

需要提取vcf文件的样本基因型，原始文件：

代码：

import vcfvcf_reader = vcf.Reader(filename=r"I:/1000GenomeProject/vcftools_filter/chr22_filter.recode.vcf")
genomeType=[]
for record in vcf_reader:# 样本个数# print(record._sample_indexes)# 样本基因型# 把FORMAT信息作为键，后面对应的信息做为值，构建成的字典（CallData对象），以及sample名称，这两个值组成一个Call对象，共同构成samples的一个元素。这样就把sample和基因型信息给关联起来，按下标访问每一个Call对象。samples类型为list。# print(record.samples)print("--------------------------------------------------------")for sample in record.samples:#获取基因型 0|0 0|1...genomeType.append(sample['GT'])

参考：https://pypi.org/project/PyVCF/