KEGG 下载 Pathway 通路数据

2024-06-02 23:08

本文主要是介绍KEGG 下载 Pathway 通路数据,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

  • 进入KEGG物种列表,网址:https://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html

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  • 这里以小鼠为例,点击Ctrl+F查找物种小鼠的拉丁名Mus musculus

    这里也可以用mouse来搜索,不过可以看到在kegg中含有三种鼠的信息。为了信息准确,最好使用拉丁名作为搜索条件。

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  • 点击Brite hierarchy

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  • 进入KEGG Orthology (KO)

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  • KEGG Orthology 提供了两种可供下载的格式,比如下载htext格式

    如果提示连接不到网络,可以多次点击,国外网的原因。。。

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  • htext格式如下

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  • 下载json格式

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  • json格式如下,这种格式更适合提取数据

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这篇关于KEGG 下载 Pathway 通路数据的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!


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