小RNA的测序技术路线以及分析流程

2024-06-02 12:38

本文主要是介绍小RNA的测序技术路线以及分析流程,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!


小RNA(SmallRNA)是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Illumina GAiix 能够对样品中的全部Small RNA 进行深度测序,达到定性定量的研究目的。每个样品可得到3 Million 以上的Small RNA 测序序列。通过大量的平行测序,可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA 图谱、新miRNA 分子的挖掘、靶基因的预测和鉴定和样品间差异表达分析等科学应用。

在下机数据中分好数据后,就要开展RawData—>CleanData的步骤。

1) 数据产出统计 
2) 去除低质量、污染及接头后的序列长度分布统计; 
3) 不同样本间的序列情况统计; 
4) 与参考序列比对情况统计(需甲方提供参考序列信息); 
5) 与已发布miRNA数据库的比对统计; 
6) 与已发布rRNA数据库的比对统计; 
7) 重复序列注释统计; 
8) 与mRNA、exon、intron的相关度统计; 
9) 小RNA注释统计; 
10) 新的miRNA预测; 
11) 不同样本间的差异统计分析; 
12) 靶基因预测;


——待续

这篇关于小RNA的测序技术路线以及分析流程的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/1023995

相关文章

SpringBoot整合Flowable实现工作流的详细流程

《SpringBoot整合Flowable实现工作流的详细流程》Flowable是一个使用Java编写的轻量级业务流程引擎,Flowable流程引擎可用于部署BPMN2.0流程定义,创建这些流程定义的... 目录1、流程引擎介绍2、创建项目3、画流程图4、开发接口4.1 Java 类梳理4.2 查看流程图4

java Long 与long之间的转换流程

《javaLong与long之间的转换流程》Long类提供了一些方法,用于在long和其他数据类型(如String)之间进行转换,本文将详细介绍如何在Java中实现Long和long之间的转换,感... 目录概述流程步骤1:将long转换为Long对象步骤2:将Longhttp://www.cppcns.c

MyBatis Plus 中 update_time 字段自动填充失效的原因分析及解决方案(最新整理)

《MyBatisPlus中update_time字段自动填充失效的原因分析及解决方案(最新整理)》在使用MyBatisPlus时,通常我们会在数据库表中设置create_time和update... 目录前言一、问题现象二、原因分析三、总结:常见原因与解决方法对照表四、推荐写法前言在使用 MyBATis

Python主动抛出异常的各种用法和场景分析

《Python主动抛出异常的各种用法和场景分析》在Python中,我们不仅可以捕获和处理异常,还可以主动抛出异常,也就是以类的方式自定义错误的类型和提示信息,这在编程中非常有用,下面我将详细解释主动抛... 目录一、为什么要主动抛出异常?二、基本语法:raise关键字基本示例三、raise的多种用法1. 抛

github打不开的问题分析及解决

《github打不开的问题分析及解决》:本文主要介绍github打不开的问题分析及解决,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录一、找到github.com域名解析的ip地址二、找到github.global.ssl.fastly.net网址解析的ip地址三

Mysql的主从同步/复制的原理分析

《Mysql的主从同步/复制的原理分析》:本文主要介绍Mysql的主从同步/复制的原理分析,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录为什么要主从同步?mysql主从同步架构有哪些?Mysql主从复制的原理/整体流程级联复制架构为什么好?Mysql主从复制注意

Java中的登录技术保姆级详细教程

《Java中的登录技术保姆级详细教程》:本文主要介绍Java中登录技术保姆级详细教程的相关资料,在Java中我们可以使用各种技术和框架来实现这些功能,文中通过代码介绍的非常详细,需要的朋友可以参考... 目录1.登录思路2.登录标记1.会话技术2.会话跟踪1.Cookie技术2.Session技术3.令牌技

java -jar命令运行 jar包时运行外部依赖jar包的场景分析

《java-jar命令运行jar包时运行外部依赖jar包的场景分析》:本文主要介绍java-jar命令运行jar包时运行外部依赖jar包的场景分析,本文给大家介绍的非常详细,对大家的学习或工作... 目录Java -jar命令运行 jar包时如何运行外部依赖jar包场景:解决:方法一、启动参数添加: -Xb

Apache 高级配置实战之从连接保持到日志分析的完整指南

《Apache高级配置实战之从连接保持到日志分析的完整指南》本文带你从连接保持优化开始,一路走到访问控制和日志管理,最后用AWStats来分析网站数据,对Apache配置日志分析相关知识感兴趣的朋友... 目录Apache 高级配置实战:从连接保持到日志分析的完整指南前言 一、Apache 连接保持 - 性

Linux中的more 和 less区别对比分析

《Linux中的more和less区别对比分析》在Linux/Unix系统中,more和less都是用于分页查看文本文件的命令,但less是more的增强版,功能更强大,:本文主要介绍Linu... 目录1. 基础功能对比2. 常用操作对比less 的操作3. 实际使用示例4. 为什么推荐 less?5.