Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法

2024-04-13 04:52

本文主要是介绍Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法

Conda包管理系统

Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包,https://www.anaconda.com/download/#download)和Miniconda(只包含基本功能软件包, https://conda.io/miniconda.html)一起分发。

最初接触到Anaconda是用于Python包的安装。Anaconda囊括了100多个常用的Python包,一键式安装,解决Python包安装的痛苦。但后来发现,其还有更多的功能,尤其是其增加了bionconda (https://bioconda.github.io/index.html)频道后,生物信息分析的1500多个软件都可以一键安装了,免去了编译时间浪费和解决库文件安装的问题。对于经常编译软件的人,这一点还不够有吸引力。最吸引我的是它的工作环境概念,可以简单的配置不同Python版本的环境、不同Python包的环境、不同R环境和R包的环境,对于生物信息软件繁杂的应用和频繁的更新提供了很大的便利。

Conda安装和配置

在上面给出的链接下载Anaconda或Conda对应版本的分发包之后,安装就是运行下面的命令,根据提示一步步操作,主要是修改安装路径 (如果是根用户,可以安装到/anaconda下,其它任意目录都可以,但路径短还是有好处的;普通用户安装到自己有权限的目录下)

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

安装完成之后,记得把安装路径下的bin文件夹加入到环境变量中。环境变量的解释和使用见 http://blog.genesino.com/2017/06/bash1/

Conda基本使用

在Conda安装配置好之后,就可以使用了。

conda list # 列出安装的软件包
conda search <package ambigious name> # 搜索需要安装的软件包,获取其完成名字

以搜索numpy为例:

conda search numpy  # * 表示对于版本的包已安装
Fetching package metadata ...............
numpy                        1.7.2           py27_blas_openblas_201  conda-forge     [blas_openblas]1.7.2           py27_blas_openblas_202  conda-forge     [blas_openblas]1.12.0                   py36_0  defaults        1.12.0             py36_nomkl_0  defaults        [nomkl]*  1.12.1                   py27_0  defaults        1.12.1             py27_nomkl_0  defaults        [nomkl]1.13.1                   py36_0  defaults        1.13.1             py36_nomkl_0  defaults        [nomkl]
numpy-indexed                0.3.2                    py27_0  conda-forge                1.0.47                   py35_0  conda-forge     1.0.47                   py36_0  conda-forge     
numpy_groupies               0.9.6                    py27_0  conda-forge     0.9.6                    py35_0  conda-forge     0.9.6                    py36_0  conda-forge     
numpy_sugar                  1.0.6                    py27_0  conda-forge     1.0.6                    py34_0  conda-forge        
numpydoc                     0.6.0                    py27_0  conda-forge     0.6.0                    py34_0  conda-forge             
xnumpy                       0.0.1                    py27_0  conda-forge

安装包

conda install <package name> # 安装软件包
conda install numpy=1.7.2 # 安装特定版本的软件包
conda remove <package name> # 移除软件包

安装R

conda install -c r r-essentials # 安装R,及80多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret 和 nnet
# 安装单个包
# conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot

获取帮助信息

conda -h # 查看conda可用的命令
conda install -h #查看install子命令的帮助

只是这些命令就可以省去不少安装的麻烦了,但是如果软件没搜索到呢?

Conda的channel

Conda默认的源访问速度有些慢,可以增加国内的源;另外还可以增加几个源,以便于安装更多的软件,尤其是bioconda安装生信类工具。conda-forge通道是Conda社区维护的包含很多不在默认通道里面的通用型软件。r通道是向后兼容性通道,尤其是使用R3.3.1版本时会用到。后添加的通道优先级更高,因此一般用下面列出的顺序添加。

conda config --add channels r # Optional, lowest priority
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda 
conda config --add channels https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda # 清华通道, 最高优先级
conda config --set show_channel_urls yes
# 显示已有的通道
conda config --get channels

conda通道的配置文件一般在~/.condarc里面,内容如下。全局控制conda的安装在conda_path/.condarc,具体操作见https://conda.io/docs/user-guide/configuration/admin-multi-user-install.html。

channels:- https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda- bioconda- r- defaults- conda-forge

创建不同的软件运行环境

这是Conda最有特色的地方,可以通过创建不同的环境,同时运行不同软件的多个版本。

新创建的软件环境的目录为anaconda_path/envs/enrironment_name,具体见下面的3个例子。安装ete3使用官方的推荐命令安装时出了问题,py3.5的包装到了py2.7环境下。解决办法,新建一个py2.7的环境,然后安装。ETE构建、绘制进化树# 新建一个环境,命名为phylo,指定其内安装的python版本为2.7
conda create -n phylo python=2.7# 在phylo环境中安装 ete3 
# ete3存在于2个通道中,官方推荐使用自己的通道,但没有成功
# -n 指定安装环境  -c 指定下载通道
# conda install -n phylo -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps# bioconda通道里面也有ete3, 下面的安装未指定具体通道,将在前面设定的几个通道里面按先后顺序查找安装
conda install -n phylo ete3 ete3_external_apps# 默认安装到了anaconda_path下面的envs/phylo目录下(在屏幕输出也会有显示)
# 这个目录下存在bin文件夹,一般使用全路径就可以调用,如下
# anaconda_path/envs/phylo/bin/ete3 -h # 但有时会因为依赖关系而失败# 所以激活本次安装环境是比较不容易出问题的使用方式
source activate phylo# 在新环境里面执行命令操作
ete3 -h
# 其它操作# 退出新环境
source deactivate phylo

创建R环境 Reference1

# Create a new conda environment called r,并且在里面安装anaconda
conda create -n r anaconda# Switch to r environment
source activate r# 在新环境里面安装R Installs R
conda install -c r r# Install R kernel for IPython notebook
conda install -c r r-irkernel# Install ggplot
conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot# 最后退出新环境
source deactivate r

创建比对工具环境 (bioconda中的例子,https://bioconda.github.io/index.html#set-up-channels)

# 环境名字为 aligners
# 环境中安装 bwa bowtie hisat star
conda create -n aligners bwa bowtie hisat star# 如果还想继续安装,指定安装环境;否则安装到默认环境
conda install -n aligners hisat2# 启动新环境
source activate aligners
star -hsource deactivate aligners

移除环境

如果环境不需要了,或出了错,则可以移除。比如需要移除phylo环境,执行conda remove -n phylo --all。

Conda环境简化运行

为了方便不同环境里面程序的运行,我写了一个shell脚本 (conda_env_run.sh),具体运行如下:

# -c: 表示实际需要运行的命令
# -e: 表示需要启动的软件环境,也就是上面conda create建立的环境
# -b:一般不需要指定,如果conda没在环境变量中需要给出conda的安装路径
conda_env_run.sh -c  'ete3 -h mod' -e phyloconda_env_run.sh -c  'bwa mem -h' -e aligner -b "/usr/local/anaconda2/bin"

conda_env_run.sh内容如下

#!/bin/bash#set -xusage()
{
cat <<EOF
${txtcyn}***CREATED BY Chen Tong (chentong_biology@163.com)***Usage:$0 options${txtrst}${bldblu}Function${txtrst}:This is designed to run conda program in given environment. It will automatically activate the environment, run the program and deactivate the environment.Thress commands from conda, 'activate', 'conda', 'deactivate' must be in PATH or you should spcify <-b> parameter.${txtbld}OPTIONS${txtrst}:-c    Full command to be run ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}-e    Environment name${bldred}[NECESSARY]${txtrst}-b    Conda path${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
EOF
}command_cmd=''
environment=''
conda_path=''while getopts "hc:e:b:" OPTION
docase $OPTION inh)echo "Help mesage"usageexit 1;;c)command_cmd=$OPTARG;;e)environment=$OPTARG;;b)conda_path=$OPTARG;;?)usageecho "Unknown parameters"exit 1;;esac
doneif [ -z ${environment} ]; thenecho 1>&2 "Please give command and environment."usageexit 1
fiif ! [ -z ${conda_path} ]; thenexport PATH=${conda_path}:${PATH}
fisource activate ${environment}
${command_cmd}
source deactivate ${environment}

Reference

https://samrelton.wordpress.com/2015/07/02/rconda/

七夕刚过,bioconda中国镜像来临

什么,你嫌bioconda下载速度太慢?感谢生信媛洲更的安利。

https://www.anaconda.com/blog/developer-blog/anaconda-r-users-sparkr-and-rbokeh/

http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/209

P11 Linux下软件编译安装和Conda安装

这篇关于Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/899185

相关文章

Java 枚举的基本使用方法及实际使用场景

《Java枚举的基本使用方法及实际使用场景》枚举是Java中一种特殊的类,用于定义一组固定的常量,枚举类型提供了更好的类型安全性和可读性,适用于需要定义一组有限且固定的值的场景,本文给大家介绍Jav... 目录一、什么是枚举?二、枚举的基本使用方法定义枚举三、实际使用场景代替常量状态机四、更多用法1.实现接

java String.join()方法实例详解

《javaString.join()方法实例详解》String.join()是Java提供的一个实用方法,用于将多个字符串按照指定的分隔符连接成一个字符串,这一方法是Java8中引入的,极大地简化了... 目录bVARxMJava String.join() 方法详解1. 方法定义2. 基本用法2.1 拼接

java连接opcua的常见问题及解决方法

《java连接opcua的常见问题及解决方法》本文将使用EclipseMilo作为示例库,演示如何在Java中使用匿名、用户名密码以及证书加密三种方式连接到OPCUA服务器,若需要使用其他SDK,原理... 目录一、前言二、准备工作三、匿名方式连接3.1 匿名方式简介3.2 示例代码四、用户名密码方式连接4

springboot项目中使用JOSN解析库的方法

《springboot项目中使用JOSN解析库的方法》JSON,全程是JavaScriptObjectNotation,是一种轻量级的数据交换格式,本文给大家介绍springboot项目中使用JOSN... 目录一、jsON解析简介二、Spring Boot项目中使用JSON解析1、pom.XML文件引入依

IDEA中Maven Dependencies出现红色波浪线的原因及解决方法

《IDEA中MavenDependencies出现红色波浪线的原因及解决方法》在使用IntelliJIDEA开发Java项目时,尤其是基于Maven的项目,您可能会遇到MavenDependenci... 目录一、问题概述二、解决步骤2.1 检查 Maven 配置2.2 更新 Maven 项目2.3 清理本

Android学习总结之Java和kotlin区别超详细分析

《Android学习总结之Java和kotlin区别超详细分析》Java和Kotlin都是用于Android开发的编程语言,它们各自具有独特的特点和优势,:本文主要介绍Android学习总结之Ja... 目录一、空安全机制真题 1:Kotlin 如何解决 Java 的 NullPointerExceptio

java中BigDecimal里面的subtract函数介绍及实现方法

《java中BigDecimal里面的subtract函数介绍及实现方法》在Java中实现减法操作需要根据数据类型选择不同方法,主要分为数值型减法和字符串减法两种场景,本文给大家介绍java中BigD... 目录Java中BigDecimal里面的subtract函数的意思?一、数值型减法(高精度计算)1.

CentOS 7 YUM源配置错误的解决方法

《CentOS7YUM源配置错误的解决方法》在使用虚拟机安装CentOS7系统时,我们可能会遇到YUM源配置错误的问题,导致无法正常下载软件包,为了解决这个问题,我们可以替换YUM源... 目录一、备份原有的 YUM 源配置文件二、选择并配置新的 YUM 源三、清理旧的缓存并重建新的缓存四、验证 YUM 源

Pytorch介绍与安装过程

《Pytorch介绍与安装过程》PyTorch因其直观的设计、卓越的灵活性以及强大的动态计算图功能,迅速在学术界和工业界获得了广泛认可,成为当前深度学习研究和开发的主流工具之一,本文给大家介绍Pyto... 目录1、Pytorch介绍1.1、核心理念1.2、核心组件与功能1.3、适用场景与优势总结1.4、优

conda安装GPU版pytorch默认却是cpu版本

《conda安装GPU版pytorch默认却是cpu版本》本文主要介绍了遇到Conda安装PyTorchGPU版本却默认安装CPU的问题,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的... 目录一、问题描述二、网上解决方案罗列【此节为反面方案罗列!!!】三、发现的根本原因[独家]3.1 p