基于转录组计算的肿瘤纯度与病理肿瘤纯度一致性差异

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实体瘤组织由肿瘤和非肿瘤细胞组成，如基质细胞和免疫细胞。这些非肿瘤细胞构成肿瘤微环境（TME）的重要组成部分，可降低肿瘤纯度，并在癌变、恶性肿瘤进展、治疗耐药性和预后评估中发挥重要作用。

肿瘤间质比的预后影响

Tumour-stroma ratio and prognosis in gastric adenocarcinoma - PMC (nih.gov)

富基质肿瘤患者5年预后较差（HR 1.80,95% CI 1.41–2.28）与基质贫乏的肿瘤相比。分层分析显示富含基质的肿瘤在双侧肠道（HR 1.68,95% CI 1.24–2.27）和弥漫性组织学类型（HR 2.09,95% CI 1.35–3.23）分别与基质贫乏的肿瘤相比。

乳腺癌病理评估差异

The estimation of tumor cell percentage for molecular testing by pathologists is not accurate - ScienceDirect

然而病理观察存在病理学家的主观影响。

结果：在 47 张 H&E 染色的肺肿瘤载玻片上标记了肿瘤区域。九位病理学家使用 0-5%、6-10%、11-20%、21-30% 等类别独立估计该区域内肿瘤细胞的百分比，直到 91-100%。作为金标准，手动计算肿瘤细胞的百分比。平均而言，每个样本的最低和最高估计值之间的范围为6.3个类别。在33%的估计中，与金本位制的偏差至少为三类。平均绝对偏差为 2.0 个类别（观察者之间的范围为 1.5-3.1 个类别）。观察者之间存在显著差异（P<0.001）。如果将 20% 的肿瘤细胞视为检测突变的下限，则在 27/72 （38%）的观察中，肿瘤细胞百分比不足（<20%）的样本估计含有足够的肿瘤细胞，可能导致假阴性结果。总之，H&E染色载玻片上对肿瘤细胞百分比的估计不准确，这可能导致对测试结果的误解。通过使用带有反馈的训练集，可以提高可靠性。