「JCVI教程」JCVI的模块简介

JCVI的使用基本格式为python -m jcvi.模块.子功能 实际操作，因此了解JCVI的模块能够帮助我们去找到需要的功能。根据JCVI的源代码，我们可以知道它目前一共有10个模块，如下

algorithms: 算法模块

algorithms

annotation: 注释模块

annotation

assembly: 组装模块

assembly

compara: 比较基因组学模块

compara

projects: 之前的一些项目代码

projects

utils: 一些实用脚本

utils

variation： 变异检测模块

image.png

apps: 常用程序的封装

apps

formats: 各种模式的转换

formats

绘图模块: 用来绘制一些常用的图。

graphics

不同模块可能有不同的依赖，所以第一次使用的时候需要配置对应的环境。