wikipathway : 代谢通路专用数据库

为了预防和治疗疾病，理解细胞活动至关重要。细胞活动通常是一系列蛋白质和代谢物质的动态变化过程，叫做pathway。我们常用的pathway 数据库就是KEGG pathway，除了KEGG pathway 之外，还有很多的pathway 数据库可以使用。

当我们在NCBI 上查询某个基因时，会给出对应的pathway 注释信息，比如 human 的 TP53 基因

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157

从图中，我们可以看到，有KEGG pathway, Wikipathway, REACTOME, Pathway Interaction Database 等数据库。

pathway 是我们对细胞活动的已知信息的体现，随着科研人员的不断努力，每年都会有新的pathway 信息大量增加，wikipathway 收录这些信息，并提供了一个免费的，易于使用的web 服务。

wikipathway 中的信息和kegg  pathway 有所区别，kegg 的pathway 是跨物种的概念，而wikipathway 是针对每一个物种，收录其特定的pathway 信息。

官网的链接如下：

https://www.wikipathways.org/index.php/WikiPathways

我们可以通过 Search 功能进行检索，也可以通过Browse 进行浏览。

比如说检索tp53 基因参与的pathway信息，按照上图所示，输入基因名称，然后点击Search 按钮，就可以看到如下所示的页面

在该页面，选择对应的物种，就会给出所有相关的pathway 信息。当然，我们也可以直接下载所有的pathway 信息。

点击 Download 按钮下方的图片，在跳转到页面，可以按照物种进行下载

但是这种方式下载的是gpml 格式的文件，适合编程处理或者导入其他文件中处理。gpml 和 KEGG 的 kgml 格式差不多，保存了pathway 中的蛋白相互作用 （interaction）和 分子反应 （reaction） 信息。在这个页面的下方，还提供了其他的下载方式。

最常用的就是 Gene lists per pathway(GMT)和  Pathway image files (SVG) 这两种方式。

Gene lists per pathway(GMT) 可以下载.gmt 格式的文件，这种文件保存了基因和pathway 之间的对应关系，但是基因ID 给的是Entrez ID; Pathway image files (SVG) 可以下载所有pathway的通路图，是svg 格式的。

对于wikipathway 的通路图而言，有两个核心概念，基因产物(gene product) 和代谢物（Metabolites ）。pathway 简单理解就是一些列的酶促反应，酶是基因的产物，而酶促反应的底物和产物都可以看做是代谢物；

在通路图中， 代谢物用蓝色表示， 基因产物用黑色表示， 代谢物A 到 代谢物B 用黑色箭头链接， 催化反应的蛋白酶（基因产物）用末端为圆形的箭头链接
比如下面这个：

总结

1. wikipathway 是一个代谢通路的数据库，可以作为kegg pathway 的补充，

2. wikipathway采用gpml格式存储pathway 中的interaction和 reaction 信息，代谢通路图中蓝色表示代谢物，黑色代表基因产物。