本文主要是介绍【一起学生信】 bwa -M 参数解读，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
bwa mem 比对时，会有一个 -M 参数，bwa官方给出的解释是 mark shorter split hits as secondary。
-M 参数用来处理同一个reads比对到参考基因组上不同位置的情况。
不加 -M
目前的比对，都不加 -M
如果不加入 -M 参数，这种情况bam中的 flag= 2048 ( supplementary alignment )
# 必须做好hg19的index
bwa mem hg19.fa <(echo -e "@R1\nATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC\n+\nIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII") 2> /dev/null
# @SQ SN:seq1 LN:1575
# @SQ SN:seq2 LN:1584
# R1 0 seq2 361 60 62M46S * 0 0 ATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII NM:i:0 AS:i:62 XS:i:0 SA:Z:seq1,1273,+,60S48M,60,0;
# R1 2048 seq1 1273 60 60H48M * 0 0 GATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII NM:i:0 AS:i:48 XS:i:0 SA:Z:seq2,361,+,62M46S,60,0;加入 -M
如果加入 -M 参数，这种情况bam中的 flag=256 ( not primary alignment )
举例：
# 必须做好hg19的index
bwa mem -M hg19.fa <(echo -e "@R1\nATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC\n+\nIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII") 2> /dev/null
# @SQ SN:seq1 LN:1575
# @SQ SN:seq2 LN:1584
# R1 0 seq2 361 60 62M46S * 0 0 ATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII NM:i:0 AS:i:62 XS:i:0 SA:Z:seq1,1273,+,60S48M,60,0;
# R1 256 seq1 1273 60 60H48M * 0 0 GATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII NM:i:0 AS:i:48 XS:i:0 SA:Z:seq2,361,+,62M46S,60,0;至于 supplementary alignment 和 not primary alignment
参考 https://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/80854579
参考 https://www.biostars.org/p/97323/
这篇关于【一起学生信】 bwa -M 参数解读的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
