本文主要是介绍CUTTag技术优势——特异性强，背景噪音较低，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
CUT&Tag是一种新的DNA—蛋白质互作研究方法。与传统的ChIP-Seq相比，CUT&Tag技术操作简便，无需免疫共沉淀和超声破碎；细胞起始量低。60-100000个细胞就可以满足需要，且CUT&Tag单细胞技术已经实现；一步完成建库，不需要传统的修复末端，加A，加接头构建文库；信噪比高。
CUT&Tag技术优势——特异性强，背景噪音较低；灵敏度强；重复性较好；成本远低于ChIP-Seq。
CUT＆Tag技术原理：
CUT&Tag技术的核心是在Tn5上融合了protein A/G抗体结合功能域的转座体pAG-Tn5。在进行CUT&Tag实验时，首先进行靶蛋白特异性抗体（一抗）孵育，使抗体进入细胞与靶蛋白结合。为了放大信号，同理接着进行二抗孵育。zui后孵育pAG-Tn5转座体，使得转座体进入细胞并与抗体结合，这样就把转座体间接的固定在靶蛋白上，随后加入Mg2+，激活Tn5酶的切割活性，打断靶蛋白结合的DNA区域。由于Tn5连有测序接头，在打断的同时直接在片段化的DNA上加接头，接着提取DNA，进行PCR扩增构建文库。
一：CUT&Tag实验结果进行qPCR分析
CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似，定量的长度、方法、引物设计等几乎完全一致。一般的实验流程为：细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—qPCR检测。整个实验流程不超过10小时。
二：CUT&Tag实验结果进行高通量测序（NGS）分析
CUT&Tag本身是一种高通量测序技术，zui终所获取的实验结果也是测序文库。CUT&Tag的文库与ChIP-Seq类似，都是200-1000bp左右的文库。测序所得的数据可以用常规的分析软件进行分析，无需特殊的分析软件。一般的实验流程为：细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—PCR构建文库—文库纯化—质检—测序。整个实验流程约10小时。
三、CUT&Tag技术对不同的靶蛋白具有广泛的适用性
CUT&Tag与ChIP-seq一样，对常见的组蛋白和转录因子具有很好的适用性。多篇引用文章证实，CUT&Tag对RAR、CCKBR、TWIST2（转录因子）、JUN、JUNB、PIM1、Runx1、SOX15等DNA直接或者间接结合蛋白都具有很好的适用性。即CUT&Tag技术适用于全基因组范围内的DNA-蛋白质互作研究。
四、CUT&Tag技术对不同的细胞样本具有广谱的适用性
CUT&Tag技术对实验室常规的模式生物和细胞系都有很好的适用性。这些模式生物包括人、动物、植物、微生物样本。CUT&Tag技术在HepG2 cell、RAW246.7 cell、KYSE cell、Human primary cell、Human Tissure cell、hPSCs、K562 cell、mouse ES cell、HEK293T cell、mouse MEFs cell、mouse embryos cell、mouse brain cell、NIH3T3 cell、CD4+T cell、HeLa S3 cell、H1 hESCs cell、CD8+T cell、果蝇细胞、muscle stem cell、拟南芥、水稻、棉花等细胞样本中已经得到了应用，可见，CUT&Tag技术对实验室常规细胞样本具有广谱的适用性，含有细胞壁的细胞也适用。
艾美捷 CUT&Tag技术 相关研究工具：
cat# 名称 时长
P-2028 EpiNext CUT&RUN Fast Kit <3小时
P-9018 EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit <3小时
P-9016 EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit <6小时
P-2032 EpiNext cTIP (CUT&Tag In-Place)-Sequencing Kit <5小时
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