antechamber 出现 Weird atomic valence问题以及解决

问题场景：

Weird atomic valence问题的出现：
今晚照常在用antechamber处理配体小分子的时候出现了一个从未见过的错误,特此记录一下

问题描述：

提示：在利用anatechamber讲配体转换为mol2格式后出现如下报错:

acdoctor mode is on: check and diagnosis problems in the input file.
-- Check Format for mol2 File --Status: pass
-- Check Unusual Elements --Status: pass
-- Check Open Valences --Status: pass
-- Check Geometry --for those bonded   for those not bonded   Status: pass
-- Check Weird Bonds --
/opt/amber18/bin/to_be_dispatched/antechamber: Fatal Error!
Weird atomic valence (3) for atom (ID: 18, Name: C13).

原因分析：

经过查阅,发现这个问题出现是由于mol2文件中存在不合理的键,比如说我这个问题中: 18号的碳应该有四个键,mol2文件中却只有三个键,mol2文件中的键信息如下图所示

第一列为序号,第二列和第三列为键所涉及的两个原子编号,第四行为键类型(1为单键,2为双键,3为3三键,ar为芳香键),可以看到18号的碳原子只涉及到1+1+1=3个键,而作为碳原子需要4个键.

解决方案：

提示：问题解决说来也简单,也就是人工修改mol2文件,将键改正常,下图是我的配体并且用红圈标明了18号位置上的碳,首先看到我们配体：

很明显,错误在于18位置的碳和19位的氧之间应该为双键而不是单键,修改mol2文件即可解决问题