GCenFF生成Gromacs Topol文件用于CHARMM36力场

2024-02-28 05:50

本文主要是介绍GCenFF生成Gromacs Topol文件用于CHARMM36力场,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

这是自己初学Gromacs后,第一次自己用GCenFF生成Gromacs topol 文件。此文作为自己的学堂札记便于日后回访。同时分享给刚入门Gromacs分子动力学模拟的同学。

环境准备:

Linux装有1. numpy; 2. networkx (1.11); Python 2.7.3 或Python 3.5.6

GCenFF生成topol文件整体流程如下:

1. 拿GaussianView绘制自己想要的分子并输出mol2文件。

PS:最好用GaussView绘制,自己当初用Material Studio 2019会出错

2. 进入GCenFF网站登录自己的账号。如果没有就注册一个。然后在网站上上传自己的mol2的文件,然后稍等片刻。

3. 然后“下载”网站生成的str文件。

PS:这里的“下载”并非真的下载,点开str网站会跳转新页并展示str文件里的内容,自己在电脑里新建txt的文件将文件后缀改为str,并用Notepad++打开,将网站的上全部内容复制粘贴到str文件里。

4. 回到GCenFF网页,从网页上下载名为cgenff_charmm2gmx.py的文件。

5. 去http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs网站下载最新的charmm36-XXX.ff.tgz文件,并解压得到charmm36-jul2020.ff文件夹。(写作当年为charmm36-jul2020.ff.tgz文件)

PS:下载最新版本的charmm36-XXX文件原因是为了匹配GCenFF网站生成的文件版本,不然后面转换会出现版本不匹配的错误。

6. 新建一个文件夹并将①charmm36-jul2020.ff;②xxx.str文件;③xxx.mol2;④cgenff_charmm2gmx.py 文件放在同一个文件夹下。然后将文件整体转移至linux自己的文件目录里。

7. 在linux系统自己的刚才对应的文件夹下运行以下命令

python cgenff_charmm2gmx.py XXX XXX.mol2 XXX.str XXX.ff

PS: 上述命令需要依据自己的mol2名str名str中的残基名和从tgz解压得到文件夹的名做出修改。还有就是linux系统下要配有python才能转化。python版本大于2.7就可以。


实战演练——生成甲酸分子Topol

1. GaussianView绘制甲酸分子式并输出保存为mol2文件。

 

2.  登录GCenFF网站,上传mol2文件。(记得upload file)

3. 先查看是否存在错误,一般网站会给调整。然后点str输出文件。

将文件内容复制粘贴到新建str文件中(如何创建str文件,鼠标右键新建txt文件,更改后缀名为str,用notepad++打开)保存,并记下文件中的残基名,此处为Molecule。

 

4. 回到GCenFF网页,从网页More Info & Tools菜单栏Utilities下,下载名为cgenff_charmm2gmx.py的文件(这个文件仅适用Python 2.7.3)。

 

5. 去http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs网站下载最新的charmm36-jul2020.tgz文件,并解压得到charmm36-jul2020.ff文件夹(拿平常的解压软件就能解压,或者在linux下面解压)。

  

6. 新建一个文件夹并将①charmm36-jul2020.ff;②xxx.str文件;③xxx.mol2;④cgenff_charmm2gmx.py 文件放在同一个文件夹下。然后将文件整体转移至linux自己的文件目录里。

 

7.  在Linux系统自己的刚才对应的文件夹下运行以下命令(要用python 2.7.3)

python cgenff_charmm2gmx.py Molecule js.mol2 js.str charmm36-jul2020.ff

转化成功!

 

如果用的是Python 3.5.6的同学,可以去这个博主下面下载cgenff_charmm2gmx_py3.py的文件后,将①charmm36-jul2020.ff;②xxx.str文件;③xxx.mol2;④cgenff_charmm2gmx_py3.py 文件放在同一个文件夹下

除cgenff_charmm2gmx_py3.py文件有更换,其余均一致。

python cgenff_charmm2gmx_3py.py Molecule js.mol2 js.str charmm36-jul2020.ff

文末随附实战演练文件自行练习

链接:https://pan.baidu.com/s/1Hg_k6ppwvOk31FAgJcgflw 
提取码:v1l3 
 

这篇关于GCenFF生成Gromacs Topol文件用于CHARMM36力场的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/754541

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