MedSAM in 3D Slicer: 分割一切医学图像

2024-02-08 18:04

本文主要是介绍MedSAM in 3D Slicer: 分割一切医学图像,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

MedSAM-Lite 3D Slicer简介

这是 MedSAM 的官方 3D Slicer 插件存储库,可用于在医学图像中分割任何物体。

什么是MedSAM:点击查看这篇文章
SCI 1区论文:Segment anything in medical images

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安装

您可以在此处观看安装步骤的视频教程(中英文):
【添加安装视频】

安装步骤

  1. 从其官方网站安装3D Slicer 网站链接。我们的插件兼容性已经通过 3D Slicer >= 5.4.0 进行了测试。
  2. 从 MedSAMSlicer 发行页 下载特定版本的插件并提取到所需位置。
  3. 在 Slicer 应用程序中,选择顶部工具栏中的Welcome to Slicer下拉菜单,然后转到Developer Tools > Extension Wizard
  4. 单击 select Extension,然后在第2步中提取的文件和目录中找到“MedSAM”文件夹。如果要求添加新模块,请接受。
  5. 现在,在Welcome to Slicer下拉菜单下,Segmentation 子菜单下,会添加“MedSAMLite”选项。通过选择它,您可以进入最后的步骤。
  6. Choose a folder以安装模块依赖项,然后单击“安装依赖项”。这可能需要几分钟时间。
  7. 重新启动 3D Slicer。

升级

**如果您安装的版本低于 v0.02:**请从第2步和第6步中删除所有现有文件,然后按照之前的说明安装新版本。

**如果您安装的版本高于 v0.02:**在模块界面顶部使用“升级模块”按钮检查并安装新的更新。

使用方法

  1. Welcome to Slicer 下拉菜单中的 Segmentation 子菜单中,增加了 MedSAMLite 选项。选择该选项,即可进入最终步骤。
  2. 加载您的图像文件。
  3. Prepare Data 折叠菜单中,您可以选择预设的预处理方法(可选,但极其有用)。
  4. Select the Region of Interest 折叠菜单中,您可以单击 Attach ROI 来选择进行分割的区域。
  5. Start Segmentation 折叠菜单中,单击 Send Image 按钮。它将把整个三维图像发送到模块的后端进行处理。这将需要几分钟时间。每个图像只需要进行一次此步骤。只要图像没有更改(新的预处理/裁剪/等),您就不需要重新进行此步骤。
    Windows 用户请注意。在此步骤中,防火墙可能会停止后端并要求权限。授予权限。在某些情况下,您可能需要重新启动计算机以更新权限。
  6. 单击 Segmentation 按钮以获取分割结果。您可以多次替换您的 ROI,或删除并重新附加它(步骤 4),而无需重新执行步骤 5 就可以重复执行步骤 6。
  7. 在同一部分中,从 SegmentationSource volume 下拉菜单中选择正确的分割组,并手动调整分割结果。您还可以为每个分割掩模分配不同的颜色。

总结

到这里各位学会了吗😜这可能是目前唯一一个教程Tina姐没有实践就发出来的(在老家无法连接服务器)。没关系,我们提供了文字+视频版教程,相信聪明的你一定可以!

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