如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息

2024-02-04 23:32

本文主要是介绍如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息

vcftools --gzvcf input.vcf --chr n --recode – recode-INFO-all --stdout | gzip -c > output.vcf.gz
说明:
–gzvcf:处理压缩格式的vcf文件(可替换为–vcf)
–chr n:选择染色体n,例:–chr 1
–recode:重新编码为vcf文件
–recode-INFO-all:将输出的文件保存所有INFO信息
–stdout:标准输出,后接管道命令
–gzip -c:压缩
> output.vcf.gz:将结果输出到output.vcf.gz

基本的思想就是利用数据流重定向,把原来输出到屏幕上的数据定向">"到文件里

参考链接:http://vcftools.github.io/man_latest.html

这篇关于如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/679124

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