MIMIC-IV数据库, 如何提取入院患者生存时间?

2024-02-01 20:36

本文主要是介绍MIMIC-IV数据库, 如何提取入院患者生存时间?,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

我们知道患者入院信息主要在mimiciv_hosp.patients表 和 mimiciv_icu.icustays表

  • subject_id: subject_id 是指定单个患者的唯一标识符。与单个 subject_id 关联的任何行都属于同一个人。由于 subject_id 是表的主键,因此每行都是唯一的。
  • Gender: 性别是患者的基因型性别
  • anchor_age, anchor_year, anchor_year_group:

这些列提供有关患者入院的实际患者年份以及患者当时的年龄的信息。

  • anchor_year 是患者的转移年份。
  • anchor_year_group 是一个年份范围 - 患者的anchor_year发生在此范围内。
  • anchor_age 是anchor_year 中患者的年龄。如果患者的anchor_age在anchor_year中超过89岁,那么他们的anchor_age将设置为91,无论他们的实际年龄有多大。
  • 示例:患者的anchor_year为2153,anchor_year_group为2008 - 2010,anchor_age为60。
    • 患者的 2153 年对应于 2008 年、2009 年或 2010 年。
    • 患者在2153年的转移年份是60岁,即他们在2008年、2009年或2010年是60岁。
    • 2154 年入院的患者将发生在 2009-2011 年,2155 年入院的患者将发生在 2010-2012 年,依此类推。

icustays表:该文件记录了患者在重症监护室(ICU)的留观信息。

  • subject_id:患者的唯一标识符。
  • hadm_id:入院号,表示患者的住院标识符。
  • stay_id:留观号,指患者在医院中的留观期间的唯一标识符。
  • first_careunit:首次护理单元,表示患者在住院期间所在的第一个护理单元。
  • last_careunit:最后护理单元,表示患者在住院期间所在的最后一个护理单元。
  • intime:入院时间,指患者入院的时间。
  • outtime:出院时间,表示患者出院的时间。
  • los:住院天数,表示患者在医院中的住院天数。

这里, EXTRACT(EPOCH FROM pa.dod - icu.intime)/(60*60*24) AS survive_time 可以用

,mimiciv_derived.datetime_diff(pa.dod, icu.intime, 'DAY') AS survive_time 替代

关于这种时间函数的使用可以查看MIMIC数据提取教程 - 官方提供的时间函数(一)

我们来看查询出来的数据:

这里的负值应该是有问题, 不可能入icu前就去世了,还有入icu时间

我们来查看下官方关于这个问题的解释:

Error in MIMIC-IV-v2.0 dod record · Issue #1346 · MIT-LCP/mimic-code

首先,由于 dod 是一个日期,因此您必须小心由于从日期时间中减去日期而导致的明显“负”生存,例如 对于 subject_id 19936081 和stay_id 39984717,他们的 intime 是 24 日,他们的 dod 是 24 日,但计算出来的 days_survived 是 -0.72。 相反,您可以通过将 intime 转换为日期来进行日期算术:

修复方法:

当我们进行此计算时,我们会看到:

3 名入住 ICU 的患者的死亡日期距其入住 ICU 时间已超过 1 年。 显然是错误的,可能是由于概率联系(您可以在“院外死亡率”部分的论文中信息 - https://www.nature.com/articles/s41597-022-01899-x )

3 入住 ICU 的患者的死亡日期为入住 ICU 前 1 天。 这些看起来也是错误的,但可能只是错误地记录了原始死亡日期数据

上面的查询中未显示,但还有大约 30 名左右的患者的 dod 与 ICU 入院日期相同,但发生在超时前一两天

我想说,总的来说,在跨数据库链接 60,000 多条记录时,您只需要预料到会出现一些错误。 由于数量很少,因此调查他们的记录(图表或通过注释)以弄清楚到底发生了什么,并更正查询中的数据应该是相当合理的。
也许我们可以将这一列及其更正添加到 icustay_detail 查询中?  https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/main/mimic-iv/concepts/demgraphics/icusay_detail.sql

于是我就去mimiciv_derived.icustay_detail去确认, 很遗憾, 没修复! 哈哈

mimic数据库使用介绍:

MIMIC-IV,重症医学数据库介绍和使用说明

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程(上)

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程(下)

CITI 课程考试补充答案

​CITI 课程考试补充答案(二)

MIMIC数据库安装保姆级教程(上)

MIMIC数据库安装保姆级教程(下)

安装常见问题(一)

安装常见问题(二)

MIMIC-IV数据库安装常见问题(三)

MIMIC-IV数据库安装常见问题(四)

MIMIC数据库,常用查询指令SQL基础(一)

MIMIC数据库,常用查询SQL基础(二)

MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标

MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标

MIMIC数据库官方函数的安装与使用

手把手教会你认识跟安装MIMIC-IV物化视图

【重要】 MIMIC数据集直接下载!

Python连接MIMIC-IV数据库并图表可视化

MIMIC-IV数据库衍生表格mimic_derived配置和使用

MIMIC-IV 数据查询加速教程

MIMIC数据提取教程 - 如何提取外科患者信息

MIMIC数据提取教程 - 提取患者首次入ICU数据

MIMIC数据提取教程 - 官方提供的时间函数(一)

MIMIC-IV数据分析 - 使用Python进行心脏病案例分析

MIMIC-IV数据分析 - 使用Python进行心脏病案例分析(二)

MIMIC-IV数据分析 - 使用R语言探索icustay_detail视图

MIMIC数据提取教程 - 如何提取患者入ICU后第一个WBC和SpO2值

MIMIC数据提取教程 - 如何提取患有肥胖症疾病的患者?

MIMIC数据提取教程 - 提取入住ICU第一天生命体征(血氧饱和度、血压、呼吸、体温)

MIMIC数据提取教程 - 提取血管紧张素受体阻滞剂(ARB)药物

MIMIC-IV数据库,如何提取器官衰竭AKI的尿量指标?

MIMIC-IV-ED适合科研小白的安装方法(提供数据集下载)

MIMIC-IV-ED数据集介绍

这篇关于MIMIC-IV数据库, 如何提取入院患者生存时间?的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/668391

相关文章

Python中提取文件名扩展名的多种方法实现

《Python中提取文件名扩展名的多种方法实现》在Python编程中,经常会遇到需要从文件名中提取扩展名的场景,Python提供了多种方法来实现这一功能,不同方法适用于不同的场景和需求,包括os.pa... 目录技术背景实现步骤方法一:使用os.path.splitext方法二:使用pathlib模块方法三

SQL Server修改数据库名及物理数据文件名操作步骤

《SQLServer修改数据库名及物理数据文件名操作步骤》在SQLServer中重命名数据库是一个常见的操作,但需要确保用户具有足够的权限来执行此操作,:本文主要介绍SQLServer修改数据... 目录一、背景介绍二、操作步骤2.1 设置为单用户模式(断开连接)2.2 修改数据库名称2.3 查找逻辑文件名

SQL Server数据库死锁处理超详细攻略

《SQLServer数据库死锁处理超详细攻略》SQLServer作为主流数据库管理系统,在高并发场景下可能面临死锁问题,影响系统性能和稳定性,这篇文章主要给大家介绍了关于SQLServer数据库死... 目录一、引言二、查询 Sqlserver 中造成死锁的 SPID三、用内置函数查询执行信息1. sp_w

Python实现精准提取 PDF中的文本,表格与图片

《Python实现精准提取PDF中的文本,表格与图片》在实际的系统开发中,处理PDF文件不仅限于读取整页文本,还有提取文档中的表格数据,图片或特定区域的内容,下面我们来看看如何使用Python实... 目录安装 python 库提取 PDF 文本内容:获取整页文本与指定区域内容获取页面上的所有文本内容获取

C++ 函数 strftime 和时间格式示例详解

《C++函数strftime和时间格式示例详解》strftime是C/C++标准库中用于格式化日期和时间的函数,定义在ctime头文件中,它将tm结构体中的时间信息转换为指定格式的字符串,是处理... 目录C++ 函数 strftipythonme 详解一、函数原型二、功能描述三、格式字符串说明四、返回值五

从基础到进阶详解Pandas时间数据处理指南

《从基础到进阶详解Pandas时间数据处理指南》Pandas构建了完整的时间数据处理生态,核心由四个基础类构成,Timestamp,DatetimeIndex,Period和Timedelta,下面我... 目录1. 时间数据类型与基础操作1.1 核心时间对象体系1.2 时间数据生成技巧2. 时间索引与数据

C/C++的OpenCV 进行图像梯度提取的几种实现

《C/C++的OpenCV进行图像梯度提取的几种实现》本文主要介绍了C/C++的OpenCV进行图像梯度提取的实现,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的... 目录预www.chinasem.cn备知识1. 图像加载与预处理2. Sobel 算子计算 X 和 Y

Druid连接池实现自定义数据库密码加解密功能

《Druid连接池实现自定义数据库密码加解密功能》在现代应用开发中,数据安全是至关重要的,本文将介绍如何在​​Druid​​连接池中实现自定义的数据库密码加解密功能,有需要的小伙伴可以参考一下... 目录1. 环境准备2. 密码加密算法的选择3. 自定义 ​​DruidDataSource​​ 的密码解密3

Maven项目中集成数据库文档生成工具的操作步骤

《Maven项目中集成数据库文档生成工具的操作步骤》在Maven项目中,可以通过集成数据库文档生成工具来自动生成数据库文档,本文为大家整理了使用screw-maven-plugin(推荐)的完... 目录1. 添加插件配置到 pom.XML2. 配置数据库信息3. 执行生成命令4. 高级配置选项5. 注意事

在Java中基于Geotools对PostGIS数据库的空间查询实践教程

《在Java中基于Geotools对PostGIS数据库的空间查询实践教程》本文将深入探讨这一实践,从连接配置到复杂空间查询操作,包括点查询、区域范围查询以及空间关系判断等,全方位展示如何在Java环... 目录前言一、相关技术背景介绍1、评价对象AOI2、数据处理流程二、对AOI空间范围查询实践1、空间查