JupyterHub学习笔记 普通用户,如何在JupyterHub中创建自己的环境并使用自己的kernel 像screen一样使用jupyterlab 交互运行 jupyternotebook

本文主要是介绍JupyterHub学习笔记 普通用户,如何在JupyterHub中创建自己的环境并使用自己的kernel 像screen一样使用jupyterlab 交互运行 jupyternotebook,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

安装 python2r环境 并激活

conda create -n python2r -y
conda activate python2r

conda install pip -y

conda install mamba -c conda-forge -c bioconda -y

conda install python -y

conda install ipykernel -y

python -m ipykernel install --user --name python2r --display-name "python2r" 

 conda activate squidpyconda install ipykernel -ypython -m ipykernel install --user --name squidpy --display-name "squidpy"  

 

 conda activate cell2loc_envconda install ipykernel -ypython -m ipykernel install --user --namecell2loc_env--display-name "cell2loc_env"  

相关包的安装  How to program with Python and R in Jupyter Notebook - Ander Fernández (anderfernandez.com)Getting started with Python and the IPython notebook — Computational Statistics in Python 0.1 documentation (duke.edu)

conda install -c r r-essentials -y
pip install rpy2[all]
pip install rpy2 -i https://pypi.douban.com/simple/ #rpy2/rpy2: Interface to use R from Python (github.com)

或者使用conda 安装rpy2

 conda install -c "conda-forge/label/cf202003" rpy2 -y

 安装并进入pyscenic环境

conda create -n pyscenic
conda activate pyscenicconda install pipconda install python=3.10
pip install pyscenicconda install ipykernelpython -m ipykernel install --user --name pyscenic --display-name "pyscenic" 




 大概看一下 初步了解

JupyterLab最全详解,如果你还在使用Notebook,那你就out了! - 知乎

快速掌握数据分析必备工具 - ipython和jupyter notebook - 知乎本文帮你快速掌握数据分析师必须会用的两个工具 - ipython和jupyter notebook。 既然有了Python,为什么还要ipython?麦叔不用说话,给你一张图你就明白啦。jupyter notebook又是什么鬼? 建议把本文放到收藏夹。…icon-default.png?t=N7T8https://zhuanlan.zhihu.com/p/356572461

jupyter配置多环境Anconda,轻松切换不同内核 - 知乎   认真看这个,符合自己的需求

在JupyterHub中创建自己的环境可以通过以下步骤完成:

  1. 登录到JupyterHub并进入主页面。

  2. 点击右上角的“New”按钮,然后选择“Terminal”以打开终端。

  3. 在终端中创建一个新的conda环境,例如:

    conda create --name myenv

    这将创建一个名为“myenv”的新环境。

  4. 安装所需的软件包和依赖项,例如:

    conda install numpy pandas matplotlib

    这将在新的conda环境中安装NumPy、Pandas和Matplotlib等包。

  5. 在终端中退出conda环境,例如:

    conda deactivate

6. 返回JupyterHub主页,并点击右上角的“New”按钮,然后选择“Notebook”以打开一个新的Jupyter Notebook。

7. 在Notebook中选择“Kernel” > “Change kernel” > “myenv”来选择刚才创建的新环境作为Kernel。

现在您可以在新的Jupyter Notebook中使用所需的软件包和依赖项,而不会与其他用户或系统环境冲突。

I haved created myenv in conda in my terminal,but i CANNOT find "myenv " as you told me “Kernel” > “Change kernel” > “myenv”. but i can only find python3(ipykernel)

If you have already created your myenv environment using conda in your terminal, but you cannot find it when you try to change the kernel in Jupyter Notebook, you may need to install ipykernel into your myenv environment and register it with Jupyter Notebook. Here are the steps:

  1. Activate your myenv environment in your terminal using the command:

    conda activate myenv

  2. Install ipykernel in your myenv environment using the command:

    conda install ipykernel

  3. Register myenv environment with Jupyter Notebook using the command:

    python -m ipykernel install --user --name myenv --display-name "myenv"

只需要更改  myenv 为自己的环境名称即可

python -m ipykernel install --user --name scvelo --display-name "scvelo"

python -m ipykernel install --user --name pyscenic --display-name "pyscenic" 

  1. This will create a new kernel called myenv in Jupyter Notebook.

  2. Start Jupyter Notebook in your browser and create a new notebook. Then, click on the "Kernel" menu, and you should now see myenv as an option in the "Change kernel" submenu.

    Note: If you don't see myenv in the list of available kernels, try refreshing the page or restarting Jupyter Notebook.

I hope this helps you to use your myenv environment in Jupyter Notebook.

do I need do change the user to my name?

No, you do not need to change the user to your name in order to create and use a new environment in JupyterHub. When you create a new environment using conda in the terminal, it will be associated with your user account by default.

When you start a new Jupyter Notebook, you should be able to see all the available kernels that are installed on your account. The myenv kernel should be listed as an option in the "Kernel" menu. You can select this kernel to use your myenv environment for that particular notebook.

If you still cannot see the myenv kernel, you can try restarting your JupyterHub server and refreshing your browser. If the issue persists, you may need to check that the ipykernel package is installed in your myenv environment and that the kernel has been registered correctly using the python -m ipykernel install command.

使用这环境,如何才能像screen一样,下次可以直接进入,不怕断网

这篇关于JupyterHub学习笔记 普通用户,如何在JupyterHub中创建自己的环境并使用自己的kernel 像screen一样使用jupyterlab 交互运行 jupyternotebook的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/629135

相关文章

Python使用FastAPI实现大文件分片上传与断点续传功能

《Python使用FastAPI实现大文件分片上传与断点续传功能》大文件直传常遇到超时、网络抖动失败、失败后只能重传的问题,分片上传+断点续传可以把大文件拆成若干小块逐个上传,并在中断后从已完成分片继... 目录一、接口设计二、服务端实现(FastAPI)2.1 运行环境2.2 目录结构建议2.3 serv

通过Docker容器部署Python环境的全流程

《通过Docker容器部署Python环境的全流程》在现代化开发流程中,Docker因其轻量化、环境隔离和跨平台一致性的特性,已成为部署Python应用的标准工具,本文将详细演示如何通过Docker容... 目录引言一、docker与python的协同优势二、核心步骤详解三、进阶配置技巧四、生产环境最佳实践

Spring Security简介、使用与最佳实践

《SpringSecurity简介、使用与最佳实践》SpringSecurity是一个能够为基于Spring的企业应用系统提供声明式的安全访问控制解决方案的安全框架,本文给大家介绍SpringSec... 目录一、如何理解 Spring Security?—— 核心思想二、如何在 Java 项目中使用?——

springboot中使用okhttp3的小结

《springboot中使用okhttp3的小结》OkHttp3是一个JavaHTTP客户端,可以处理各种请求类型,比如GET、POST、PUT等,并且支持高效的HTTP连接池、请求和响应缓存、以及异... 在 Spring Boot 项目中使用 OkHttp3 进行 HTTP 请求是一个高效且流行的方式。

Java使用Javassist动态生成HelloWorld类

《Java使用Javassist动态生成HelloWorld类》Javassist是一个非常强大的字节码操作和定义库,它允许开发者在运行时创建新的类或者修改现有的类,本文将简单介绍如何使用Javass... 目录1. Javassist简介2. 环境准备3. 动态生成HelloWorld类3.1 创建CtC

使用Python批量将.ncm格式的音频文件转换为.mp3格式的实战详解

《使用Python批量将.ncm格式的音频文件转换为.mp3格式的实战详解》本文详细介绍了如何使用Python通过ncmdump工具批量将.ncm音频转换为.mp3的步骤,包括安装、配置ffmpeg环... 目录1. 前言2. 安装 ncmdump3. 实现 .ncm 转 .mp34. 执行过程5. 执行结

Java使用jar命令配置服务器端口的完整指南

《Java使用jar命令配置服务器端口的完整指南》本文将详细介绍如何使用java-jar命令启动应用,并重点讲解如何配置服务器端口,同时提供一个实用的Web工具来简化这一过程,希望对大家有所帮助... 目录1. Java Jar文件简介1.1 什么是Jar文件1.2 创建可执行Jar文件2. 使用java

C#使用Spire.Doc for .NET实现HTML转Word的高效方案

《C#使用Spire.Docfor.NET实现HTML转Word的高效方案》在Web开发中,HTML内容的生成与处理是高频需求,然而,当用户需要将HTML页面或动态生成的HTML字符串转换为Wor... 目录引言一、html转Word的典型场景与挑战二、用 Spire.Doc 实现 HTML 转 Word1

Java中的抽象类与abstract 关键字使用详解

《Java中的抽象类与abstract关键字使用详解》:本文主要介绍Java中的抽象类与abstract关键字使用详解,本文通过实例代码给大家介绍的非常详细,感兴趣的朋友跟随小编一起看看吧... 目录一、抽象类的概念二、使用 abstract2.1 修饰类 => 抽象类2.2 修饰方法 => 抽象方法,没有

SpringBoot 多环境开发实战(从配置、管理与控制)

《SpringBoot多环境开发实战(从配置、管理与控制)》本文详解SpringBoot多环境配置,涵盖单文件YAML、多文件模式、MavenProfile分组及激活策略,通过优先级控制灵活切换环境... 目录一、多环境开发基础(单文件 YAML 版)(一)配置原理与优势(二)实操示例二、多环境开发多文件版