ChimeraX使用教程-安装及基本操作

2023-12-21 20:36

本文主要是介绍ChimeraX使用教程-安装及基本操作,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

ChimeraX使用教程-安装及基本操作

1、访问https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/download.html进行下载,然后安装
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述安装完成后,显示界面
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2、基本操作

1、点击file,导入 .PDB 文件。

在这里插入图片描述

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(注:在 alphafold在线预测蛋白====》点击传送门:link
结束后我们会得到一个 .zip 格式的压缩包,解压缩打开后主要有 .JSON 、 .PDB 、.PNG 和文本文档类格式文件,我们需要的是 .PDB 文件,这里面存放着我们预测的蛋白结构结果。)

2、点击file,导入 .PDB 文件。

打开所有 .PNG 格式文件如下图,每一张图都是对我们预测的蛋白模型的精准度反映。我们主要看图⑤,可以清楚的看到蛋白不同区段的预测精准度,峰值越高则越精准,通过该图我们选择预测结果最精准的PDB文件进行可视化,在此选rank1用于后续的分析。

在这里插入图片描述

3、蛋白互作界面分析:

详细参考这位作者的详细文章,====》点击传送门:link

参考:

超实用!用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化(上):
https://zhuanlan.zhihu.com/p/617074237
超实用!用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化(中): 蛋白结构美化篇:
https://zhuanlan.zhihu.com/p/617939430

超实用!用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化(下): 蛋白互作界面分析:
https://zhuanlan.zhihu.com/p/633813760

这篇关于ChimeraX使用教程-安装及基本操作的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/521414

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