本文主要是介绍3DSlicer学习笔记-写在前面（用jupyter控制3DSlicer的方法），希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
谷歌翻译form SlicerJupyter
SlicerJupyter 3D Slicer扩展，允许从JupyterNotebook使用该应用程序。
演示视频： https : //youtu.be/oZ3_cRXX2QM (这个我也没看到。。。)
用法
有2种方法来运行该插件：
选项1.使用Binder运行
您可以使用此选项快速入门。 无需安装或设置，只需单击下面的链接，然后在Web浏览器中通过JupyterNotebook开始使用Slicer。
Binder链接
当您单击链接时，Binder将在其云服务器上启动具有SlicerJupyter扩展名的3D Slicer。 Binder是一项免费服务，服务器资源非常有限。 同样，没有交互式访问图形用户界面。 因此，仅建议将该选项用于测试，演示或简单的计算或可视化。
选项2.在自己的计算机上运行Slicer和Jupyter
在自己的电脑安装运行Slicer和Jupyter
安装
- 安装Python和JupyterNotebook
- 安装 Anaconda （推荐）或任何其他Python发行版（请参阅 此处的 安装说明 ）
- 您可以选择任何Python版本和任何位数（建议使用Python 3，建议使用64位）
- 无需将Python添加到PATH环境变量中或注册为默认Python
- 安装 3D Slicer ，启动它，然后在其Extension Manager中安装SlicerJupyter扩展，重新启动3D Slicer
- 通过复制粘贴以下行，在3D Slicer的Python控制台中安装Python软件包：
import os
if os.name=='nt':# There are no official pyzmq wheels for Python-3.6 for Windows, so we have to install manuallypip_install("https://files.pythonhosted.org/packages/94/e1/13059383d21444caa16306b48c8bf7a62331ca361d553d2119696ea67119/pyzmq-19.0.0-cp36-cp36m-win_amd64.whl")
else:# PIL may be corrupted on linux, reinstall from pillowpip_install('--upgrade pillow --force-reinstall')
pip_install("ipywidgets pandas ipyevents ipycanvas")- 安装Slicer jupyter kernel
- 切换到3D Slicer中的JupyterKernel模块
- 单击“Copy command to clipboard”以将kernel安装命令复制到剪贴板
- 在安装Jupyter的Python环境中启动命令提示符，并粘贴并运行kernel安装命令
- 通过在已安装的Python环境中运行以下命令来安装用于动态Slicer视图显示的Python软件包 `
python -m pip install jupyter ipywidgets pandas ipycanvas ipyevents
对于JupyterLab，请运行以下附加命令：
conda install -c conda-forge nodejs
pip install ipywidgets ipyevents ipycanvas
jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager
jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager ipycanvas
jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager ipyevents- 启动JupyterNotebook。 例如，通过运行 jupyter-notebook 可执行文件。
在此处查看使用Anaconda安装步骤的视频：
看不到。。。
在Notebook中使用Slicer
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创建一个新的Notebook，选择 Slicer 4.x kernel（例如 Slicer 4.11 ）。 当请求启动kernel时，Jupyter会自动打开一个新的Slicer实例。 请求关闭kernel时，此Slicer实例将自动关闭。
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kernel启动时，显示"Kernel starting, please wait…" 消息。 最多几十秒钟后，就应该成功启动Slicerkernel。
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快速测试-在Notebook中显示视图内容：
import JupyterNotebooksLib as slicernb
slicernb.ViewDisplay()- 尝试使用交互式视图小部件：
slicernb.ViewInteractiveWidget()- 按下
Tab键即可自动补全 - 点击
Shift+Tab可显示方法文档（多次点击可显示更多详细信息）。 注意：方法名称必须完整（您可以使用Tabkey来补全名称），并且光标必须在名称内或名称之后（而不是括号内）。 例如，键入slicer.util.getNode并按Shift+Tab。
示例
您可以在 此处 查看 示例SlicerNotebook开始使用 。
对于开发人员
制作说明
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针对启用了Qt5和VTK9的新建Slicer构建扩展。
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安装Jupyter
mkvirtualenv -p python3.6 jupyter_env # Create and activare virtual environmentpip install jupyter- 安装kernel
jupyter-kernelspec install /tmp/SlicerJupyter-build/inner-build/share/Slicer-4.11/qt-loadable-modules/JupyterKernel/Slicer-4.9/ --replace --user- 启动Notebook
workon jupyter_env
python -m jupyter notebook手动启动kernel
在Slicer的Python控制台中键入此命令，以手动启动Notebook可以连接到的kernel：
connection_file=r'C:\Users\andra\AppData\Roaming\jupyter\runtime\kernel-3100f53f-3433-40f9-8978-c72ed8f88515.json'
print('Jupyter connection file: ['+connection_file+']')
slicer.modules.jupyterkernel.startKernel(connection_file)
connection_file 的路径打印在jupyterNotebook的终端窗口上。
特殊命令
这些命令必须是单元格中的最后命令。
__kernel_debug_enable(): enable detailed logging of all incoming Jupyter requests__kernel_debug_disable(): enable detailed logging of all incoming Jupyter requests
这篇关于3DSlicer学习笔记-写在前面（用jupyter控制3DSlicer的方法）的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
