Gromacs的使用的

第一章 Gromacs的安装

一、Grommacs

Gromacs是分子动力学模拟中必不可少的工具，需要注意的是在MD的模拟中是不涉及化学键的建立和生成的,它停留在原子的键角，键长，范德华力和库仑力的平面上，如果你想探究原子之间成键的现象以及电子云的运动，请把注意力放在Gaussian上来。其次Gromacs是运行在Linux系统上的，他的操作一般以命令的形式进行。所以你首先要拥有一个虚拟机或者是一台云服务器（Linux版本），这里以虚拟机为例。使用的版本为Cenos 7.

二、安装步骤

1.首先你要先安装cmake。

su root #切换用户
Enter password:(在这里输入你的密码）；
mkdir /opt/cmake  #建立文件夹
cd /opt/cmake #进入文件夹wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.23.0-rc2/cmake-3.23.0-rc2-linux-x86_64.tar.gz #网络获取cmake的资源包
#如果console提示你访问被拒绝的话  你可以考虑 yum update wget;  或者在虚拟机的浏览器中下载（通过我标题提供的网址），之后记得移动到指定的位置。tar -xzvf cmake-3.23.0-rc2-linux-x86_64.tar.gz #将安装包进行解压vi /etc/profile #打开环境变量设置的文件
#在 export PATH USER LOGNAME MAIL HOSTNAME HISTSIZE HISTCONTROL 的下面一行 写上（输入 i 才能进入vim的编辑模式哟）export PATH=$PATH:/opt/cmake/cmake-3.23.0-rc2-linux-x86_64/bin  #添加路径，随后按esc，输入#(:wq(包括这个：符号的）)source /etc/profilecmake -version #查看是否安装成功#如果出现下图就说明成功了

2.安装fftw(快速傅里叶变换库）

mkdir /opt/fftw
cd /opt/fftwwget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gztar -xzvf fftw-3.3.8.tar.gz cd fftw-3.3.8/./configure --prefix=/opt/fftw --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared

3.安装gromacs

首先我们要去gromacs的官网下载他的安装包(不要下载太新的，不然很可能变小白鼠）

su root 
Enterpassword:
mkdir /opt/gromacs #建立文件夹
cd /opt/gromacs #打开文件夹wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.4.tar.gz --no-check-certificate #获取gromacs的源码包tar -xzvf gromacs-2021.4.tar.gz #将这个源码包尽行解压cd gromacs-2021.4/
mkdir build
cd buildexport CMAKE_PREFIX_PATH=/opt/fftwcmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacsmake install -j#到这里就安装好了gedit ~/.bashrc  #在这个文件的最后加上source /opt/gromacs/bin/GMXRC

总结