加载org.Hs.eg.db为什么出现error: $ operator is invalid for atomic vectors报错和解决方法

本文主要是介绍加载org.Hs.eg.db为什么出现error: $ operator is invalid for atomic vectors报错和解决方法,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

在Bioconductor上已经有人提了问题,并且有了回答(地址:https://support.bioconductor.org/p/9136329/)

简单的说,就是Rstduio出来背锅,最新的RSQLite(v2.2.6)和Rstudio存在冲突,以后要么是RSQLite迁就RStduio,要么就是Rstudio迁就RQLite。

不过目前也不是不能用,以下是解决方法

方法1 手动设置环境变量

options(connectionObserver = NULL)

方法2: 装个旧版本RSQLite,2.2.5之前即可

install.packages("remotes")
remotes::install_version("RSQLite", "2.2.5")

对于windows用户,旧版本的编译需要Rtools,如果嫌麻烦,我手头存了一份已经编译好的版本,因此可以直接用下面的命令安装

install.packages("http://xuzhougeng.top/static/RSQLite_2.2.1.zip",repos = NULL, type = "binary")

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http://www.chinasem.cn/article/1088114

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