「小技巧」如何让IGV更快的加载GTF和GFF注释文件

2024-06-23 19:48

本文主要是介绍「小技巧」如何让IGV更快的加载GTF和GFF注释文件,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

很简单,就下面3行命令

gff=
(grep ^"#" $gff; grep -v ^"#" $gff | sort -k1,1 -k4,4n) | bgzip > sorted.gff.gz;
tabix -p gff sorted.gff.gz;

第一行的gff是定义输入文件。第二行是对GFF文件进行排序。第三行是利用HTSLIB中的tabix工具建立索引,得到一个sorted.gff.gz.tbi 索引文件。

后续IGV在加载文件时,会根据索引文件直接读取给定区域的信息,不但可以降低内存的占用,还可以提高加载速度。

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