「小技巧」如何让IGV更快的加载GTF和GFF注释文件

2024-06-23 19:48

本文主要是介绍「小技巧」如何让IGV更快的加载GTF和GFF注释文件,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

很简单,就下面3行命令

gff=
(grep ^"#" $gff; grep -v ^"#" $gff | sort -k1,1 -k4,4n) | bgzip > sorted.gff.gz;
tabix -p gff sorted.gff.gz;

第一行的gff是定义输入文件。第二行是对GFF文件进行排序。第三行是利用HTSLIB中的tabix工具建立索引,得到一个sorted.gff.gz.tbi 索引文件。

后续IGV在加载文件时,会根据索引文件直接读取给定区域的信息,不但可以降低内存的占用,还可以提高加载速度。

这篇关于「小技巧」如何让IGV更快的加载GTF和GFF注释文件的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/1088108

相关文章

MyBatis延迟加载与多级缓存全解析

《MyBatis延迟加载与多级缓存全解析》文章介绍MyBatis的延迟加载与多级缓存机制,延迟加载按需加载关联数据提升性能,一级缓存会话级默认开启,二级缓存工厂级支持跨会话共享,增删改操作会清空对应缓... 目录MyBATis延迟加载策略一对多示例一对多示例MyBatis框架的缓存一级缓存二级缓存MyBat

90%的人第一步就错了! 顺利登录wifi路由器后台的技巧

《90%的人第一步就错了!顺利登录wifi路由器后台的技巧》登录Wi-Fi路由器,其实就是进入它的后台管理页面,很多朋友不知道该怎么进入路由器后台设置,感兴趣的朋友可以花3分钟了解一下... 你是不是也遇到过这种情况:家里网速突然变慢、想改WiFi密码却不知道从哪进路由器、新装宽带后完全不知道怎么设置?别慌

录音功能在哪里? 电脑手机等设备打开录音功能的技巧

《录音功能在哪里?电脑手机等设备打开录音功能的技巧》很多时候我们需要使用录音功能,电脑和手机这些常用设备怎么使用录音功能呢?下面我们就来看看详细的教程... 我们在会议讨论、采访记录、课堂学习、灵感创作、法律取证、重要对话时,都可能有录音需求,便于留存关键信息。下面分享一下如何在电脑端和手机端上找到录音功能

Python函数的基本用法、返回值特性、全局变量修改及异常处理技巧

《Python函数的基本用法、返回值特性、全局变量修改及异常处理技巧》本文将通过实际代码示例,深入讲解Python函数的基本用法、返回值特性、全局变量修改以及异常处理技巧,感兴趣的朋友跟随小编一起看看... 目录一、python函数定义与调用1.1 基本函数定义1.2 函数调用二、函数返回值详解2.1 有返

Java实现复杂查询优化的7个技巧小结

《Java实现复杂查询优化的7个技巧小结》在Java项目中,复杂查询是开发者面临的“硬骨头”,本文将通过7个实战技巧,结合代码示例和性能对比,手把手教你如何让复杂查询变得优雅,大家可以根据需求进行选择... 目录一、复杂查询的痛点:为何你的代码“又臭又长”1.1冗余变量与中间状态1.2重复查询与性能陷阱1.

Python内存优化的实战技巧分享

《Python内存优化的实战技巧分享》Python作为一门解释型语言,虽然在开发效率上有着显著优势,但在执行效率方面往往被诟病,然而,通过合理的内存优化策略,我们可以让Python程序的运行速度提升3... 目录前言python内存管理机制引用计数机制垃圾回收机制内存泄漏的常见原因1. 循环引用2. 全局变

MySQL中查询和展示LONGBLOB类型数据的技巧总结

《MySQL中查询和展示LONGBLOB类型数据的技巧总结》在MySQL中LONGBLOB是一种二进制大对象(BLOB)数据类型,用于存储大量的二进制数据,:本文主要介绍MySQL中查询和展示LO... 目录前言1. 查询 LONGBLOB 数据的大小2. 查询并展示 LONGBLOB 数据2.1 转换为十

Python进阶之列表推导式的10个核心技巧

《Python进阶之列表推导式的10个核心技巧》在Python编程中,列表推导式(ListComprehension)是提升代码效率的瑞士军刀,本文将通过真实场景案例,揭示列表推导式的进阶用法,希望对... 目录一、基础语法重构:理解推导式的底层逻辑二、嵌套循环:破解多维数据处理难题三、条件表达式:实现分支

Python中的filter() 函数的工作原理及应用技巧

《Python中的filter()函数的工作原理及应用技巧》Python的filter()函数用于筛选序列元素,返回迭代器,适合函数式编程,相比列表推导式,内存更优,尤其适用于大数据集,结合lamb... 目录前言一、基本概念基本语法二、使用方式1. 使用 lambda 函数2. 使用普通函数3. 使用 N

SpringBoot加载profile全面解析

《SpringBoot加载profile全面解析》SpringBoot的Profile机制通过多配置文件和注解实现环境隔离,支持开发、测试、生产等不同环境的灵活配置切换,无需修改代码,关键点包括配置文... 目录题目详细答案什么是 Profile配置 Profile使用application-{profil