11. 利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2

2024-06-13 05:20

本文主要是介绍11. 利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

来源: “码农不会写诗”公众号
链接:利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2

文章目录

  • 01 msi2lmp工具简介
    • 1. 编译生成msi2lmp可执行文件
    • 2. 使用方式
  • 02 赋予模型CVFF力场
  • 03 导出car/mdf文件
  • 04 生成data文件
  • 05 data文件进一步处理

文接上篇

  上篇利用Material Studio(MS)完成了PE体系(2条C150H300链)的建模和优化平衡(几何优化、模拟退火、动力学平衡)工作,本文借助msi2lmp工具将其转化为Lammps所支持的文件格式。


01 msi2lmp工具简介

Lammps提供的msi2lmp工具可以很方便的进行MS模型到Lammps data文件的转换。

1. 编译生成msi2lmp可执行文件

cd lammps/tools/msi2lmp/src  # 修改为下载的lammps路径
make

不想编译怎么办?
关注公众号回复关键词:msi2lmp

2. 使用方式

msi2lmp.exe -h    # 查看使用帮助

常用参数 :
– -ignore 忽略警告和报错信息
– -class 使用力场类别
– -frc 力场文件

02 赋予模型CVFF力场

若前面几何优化,退火,动力学等步骤未使用CVFF力场,会导致导出的car/mdf文件缺失如原子质量等信息,无法转换为data文件,所以导出car/mdf文件之前需要赋予CVFF力场。

Modules->Discover->Setup

Discover Setup-Energy
选择cvff力场

Discover Setup-Typeing
Calcculate 力场参数

03 导出car/mdf文件

File->Export->Insight Molecule Files

导出成功后,产生两个文件xxx.car和xxx.mdf

04 生成data文件

路径有空格需要引号包起来;
相对路径是当前路径起始,不确定时使用绝对路径;

msi2lmp.exe car/mdf文件路径(不带文件后缀) -class I -ignore -frc 力场文件路径

例:

./msi2lmp.exe ./pe -ignore -class I -frc ./frc_files/cvff.frc

05 data文件进一步处理

如此生成的data文件(如下图Masses部分)需要进一步处理以更好的服务于Lammps。这部分内容以后有机会再分享,另外AutoRMA也提供了此服务,朋友们可以期待一下子。


至此已经成功生成Lammps模拟所需要的data文件了。再次恭喜坚持学习到本节的朋友,从下节就正式进入Lammps命令相关的知识了。今天就到这里啦,有问题可后台或者评论哦,拜了个拜~

上一篇:利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-1

这篇关于11. 利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!


原文地址:
本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.chinasem.cn/article/1056390

相关文章

从基础到进阶详解Pandas时间数据处理指南

《从基础到进阶详解Pandas时间数据处理指南》Pandas构建了完整的时间数据处理生态,核心由四个基础类构成,Timestamp,DatetimeIndex,Period和Timedelta,下面我... 目录1. 时间数据类型与基础操作1.1 核心时间对象体系1.2 时间数据生成技巧2. 时间索引与数据

安装centos8设置基础软件仓库时出错的解决方案

《安装centos8设置基础软件仓库时出错的解决方案》:本文主要介绍安装centos8设置基础软件仓库时出错的解决方案,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐... 目录安装Centos8设置基础软件仓库时出错版本 8版本 8.2.200android4版本 javas

Linux基础命令@grep、wc、管道符的使用详解

《Linux基础命令@grep、wc、管道符的使用详解》:本文主要介绍Linux基础命令@grep、wc、管道符的使用,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐... 目录grep概念语法作用演示一演示二演示三,带选项 -nwc概念语法作用wc,不带选项-c,统计字节数-

python操作redis基础

《python操作redis基础》Redis(RemoteDictionaryServer)是一个开源的、基于内存的键值对(Key-Value)存储系统,它通常用作数据库、缓存和消息代理,这篇文章... 目录1. Redis 简介2. 前提条件3. 安装 python Redis 客户端库4. 连接到 Re

无法启动此程序因为计算机丢失api-ms-win-core-path-l1-1-0.dll修复方案

《无法启动此程序因为计算机丢失api-ms-win-core-path-l1-1-0.dll修复方案》:本文主要介绍了无法启动此程序,详细内容请阅读本文,希望能对你有所帮助... 在计算机使用过程中,我们经常会遇到一些错误提示,其中之一就是"api-ms-win-core-path-l1-1-0.dll丢失

SpringBoot基础框架详解

《SpringBoot基础框架详解》SpringBoot开发目的是为了简化Spring应用的创建、运行、调试和部署等,使用SpringBoot可以不用或者只需要很少的Spring配置就可以让企业项目快... 目录SpringBoot基础 – 框架介绍1.SpringBoot介绍1.1 概述1.2 核心功能2

Spring Boot集成SLF4j从基础到高级实践(最新推荐)

《SpringBoot集成SLF4j从基础到高级实践(最新推荐)》SLF4j(SimpleLoggingFacadeforJava)是一个日志门面(Facade),不是具体的日志实现,这篇文章主要介... 目录一、日志框架概述与SLF4j简介1.1 为什么需要日志框架1.2 主流日志框架对比1.3 SLF4

Spring Boot集成Logback终极指南之从基础到高级配置实战指南

《SpringBoot集成Logback终极指南之从基础到高级配置实战指南》Logback是一个可靠、通用且快速的Java日志框架,作为Log4j的继承者,由Log4j创始人设计,:本文主要介绍... 目录一、Logback简介与Spring Boot集成基础1.1 Logback是什么?1.2 Sprin

MySQL复合查询从基础到多表关联与高级技巧全解析

《MySQL复合查询从基础到多表关联与高级技巧全解析》本文主要讲解了在MySQL中的复合查询,下面是关于本文章所需要数据的建表语句,感兴趣的朋友跟随小编一起看看吧... 目录前言:1.基本查询回顾:1.1.查询工资高于500或岗位为MANAGER的雇员,同时还要满足他们的姓名首字母为大写的J1.2.按照部门

Android Mainline基础简介

《AndroidMainline基础简介》AndroidMainline是通过模块化更新Android核心组件的框架,可能提高安全性,本文给大家介绍AndroidMainline基础简介,感兴趣的朋... 目录关键要点什么是 android Mainline?Android Mainline 的工作原理关键