生信软件 | Sratools (操作SRA文件)

2024-06-02 23:18

本文主要是介绍生信软件 | Sratools (操作SRA文件),希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

文章目录

  • 1. 介绍
  • 2. 安装
    • 2.1 Conda 安装
    • 2.2 传统安装
  • 3. 使用
    • 3.1 下载SRA
    • 3.2 抽取fastq文件

1. 介绍

  • Sratools是NCBI官方提供,用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合
  • 一般常用于下载SRA文件,从SRA文件中提取fastq,sam文件,查看SRA文件信息等

2. 安装

这里提供两种方法,选择一种安装即可,强烈建议使用Conda方式安装

2.1 Conda 安装

conda install -y sra-tools

这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) : Conda 安装使用图文详解

2.2 传统安装

下载

下载地址1:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software
下载地址2:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads

在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地

wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64.tar.gz

解压

gunzip -c sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64.tar.gz | tar xf -

设置环境变量

所有的可执行文件均在sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64/bin目录下

环境变量添加的详细方法:Linux 添加环境变量的五种方法

  • 打开环境变量设置文件
sudo vim /etc/environment
  • 添加软件 bin 目录的路径,并用 : 隔开

  • 执行source命令,使配置立即生效

sudo source /etc/enviroment

3. 使用

官方文档:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc

3.1 下载SRA

https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-Access-SRA-Data

下载单个文件

prefetch SRR390728

下载多个文件

prefetch cart_0.krt

3.2 抽取fastq文件

fastq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq

**注意:**NCBI其实已经更新了一个多线程抽取工具fasterq-dump,可以在sratools的bin目录里找到,但是文档没有写,没有特殊需求的话,可以考虑直接用新工具替代。

这个fasterq-dumpfastq-dump相比,就像动车碾压绿皮火车,用法如下:

fasterq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq

详情查看:https://www.jianshu.com/p/5c97a34cc1ad

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